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在 1980 年代後期，數千只雞因一種名為禽白血病病毒 J 的病毒引起的癌症而死亡，因為它們都起源於少數幾隻易感染該疾病的公雞。
這只是基因多樣性缺乏如何危害牲畜和農業的一個例子。 類似的例子比比皆是，從 19 世紀的愛爾蘭馬鈴薯饑荒到肉用牛——一頭名叫伊凡霍的公牛將其對免疫系統疾病的遺傳易感性傳給了今天美國大約 15% 的所有荷斯坦公牛。 現在，一項發表在《美國國家科學院院刊》上的新研究表明，世界上 400 億隻商業雞——那些為了肉和蛋而飼養的雞——的基因多樣性只有雞基因組中可能存在的一半，這使得它們容易受到其他破壞性疾病爆發的影響。
美國農業部的禽病專家 Hans Cheng 及其同事比較了 2,500 多隻雞的基因多樣性，其中 1,440 只來自美國的商業農場。 其中一些工業化養殖的雞已經失去了高達 90% 的同類基因，例如亞洲紅原雞（所有雞的祖先）以及非商業品種的雞（如中國絲羽烏骨雞）。 平均而言，商業雞至少缺乏雞基因組中 50% 的基因。
Cheng 說：“商業種群中缺乏多樣性很可能是由於使用有限數量的雞品種來形成商業種群。” 這種“商業種群可能缺乏對抗新的和正在出現的疾病所需的基因多樣性。”
美國所有白色蛋雞都源自白色來亨雞品種，而所有為肉而飼養的雞（稱為肉雞）都源自英國康沃爾雞或印度鬥雞品種。 縮小遺傳密碼使農民能夠滿足當前全球 6100 萬噸肉類和 5500 多萬噸雞蛋的需求——自 1970 年以來產量增長了 436%。 但這也為所謂的“疾病衝擊”的可能性創造了條件。
國際畜牧研究所 (ILRI) 所長、農業經濟學家 Carlos Seré 說：“疾病衝擊肯定在植物界已經出現過，並且產生了重大影響，包括人類和經濟方面：例如 19 世紀著名的愛爾蘭馬鈴薯饑荒，以及最近的荷蘭榆樹病 [一種真菌感染]。” “雞群中的疾病衝擊可能會發生，例如，由於具有高度傳播性和致病性的禽流感病毒。”
Cheng 指出，如果沒有本質上可以使雞免受此類禽流感侵害的稀有基因，那麼一次毒性極強的疫情可能會導致養雞業停產。 但很難知道哪些基因缺失，因為研究人員在雞基因組中只識別出極少量的基因及其相應的性狀。
他說：“家禽業在選擇重要的農藝性狀（如大胸肌（更多肉）和增強的產蛋能力）方面顯然做得很好。” “在有必要增加基因多樣性之前，他們將繼續在其現有種群中進行選擇。”
然而，他警告說，到這種必要性變得明顯時，可能為時已晚。 為了避免任何大規模死亡事件，他建議農民將商業雞與其他型別的雞進行雜交，以儲存潛在有用基因的儲備庫。 當然，這可能需要在諸如產蛋量等目前是目標性狀的方面做出權衡。
包括 ILRI 的一些研究人員呼籲為牲畜建立一個“基因庫”，類似於用於重要作物的種子庫，其中將包含牲畜基因多樣性的冷凍記錄。 Seré 指出，“對於其他大規模商業育種很重要的牲畜（如奶牛和豬）也這樣做將會很有趣，以瞭解這些家養動物的狀況如何。”
然而，此類基因庫將需要新技術，因為沒有人成功地長期儲存公雞精液或蛋黃。 與此同時，程說，研究應該繼續嘗試找出其他禽類品種中賦予禽流感抗性的基因，以拯救人類和雞。 程說：“如果我們能夠識別出基因抗性，那麼這將極大地影響家禽業和人類健康。”