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抗生素是奇怪的小分子。在低到中等濃度下，細菌利用它們來保護自己的領地，並（可能）向鄰近細菌發出訊號。在較高濃度下，它們可以用來殺死傷害我們的細菌，但濃度過高也可能對我們自身的內部細菌和身體造成嚴重損害，或者在某些情況下甚至為細菌感染提供幫助。 “高”和“過高”之間的差異可能相當小，並且經常重疊。
阿奇黴素是一種廣泛使用的抗生素，它會干擾細菌的蛋白質合成機制。除了幫助對抗細菌感染外，它還具有鮮為人知的抗炎特性。它被用於對抗多種細菌性疾病，並可用於囊性纖維化等長期慢性肺病，以幫助減輕炎症並預防細菌感染的發生。
最近發表在《臨床研究雜誌》（參考文獻 1 如下）上的一篇論文發現，儘管阿奇黴素有助於減輕囊性纖維化患者的炎症症狀，但它對細菌的幫助不大。長期高劑量的阿奇黴素通常與非結核分枝桿菌感染增加有關——這是一組與結核病非常相似的細菌，但實際上不是結核病。
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對此提出的原因是，在高濃度下（通常用於囊性纖維化治療的濃度），阿奇黴素可以阻斷自噬，這是白細胞用來吞噬入侵細菌的過程。透過測量與自噬相關的蛋白質 (LC3-II) 的濃度，發現抗生素不會阻止自噬體的形成（即細菌仍然被內化），但會阻止酸化。細菌進入了白細胞，但沒有被摧毀。這在結核病的情況下尤其重要，因為在白細胞內毫髮無損地生存是這些細菌本來就運作的方式。抗生素只是在這方面幫助了它們。
這是一個絕對需要更多研究的領域，但它確實提出了關於抗生素的一個重要觀點。就阿奇黴素而言，似乎減少白細胞中的自噬量（這可能有助於預防炎症反應）會使某些型別的細菌更容易感染。這在醫院中尤其重要，因為許多非結核分枝桿菌具有高度耐藥性。要麼需要修改劑量，要麼更有效的方法可能是使用替代的抗炎藥，特別是對於那些免疫系統可能已經因其他疾病而受損的患者。
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參考文獻 1 = Renna M, Schaffner C, Brown K, Shang S, Tamayo MH, Hegyi K, Grimsey NJ, Cusens D, Coulter S, Cooper J, Bowden AR, Newton SM, Kampmann B, Helm J, Jones A, Haworth CS, Basaraba RJ, Degroote MA, Ordway DJ, Rubinsztein DC, & Floto RA (2011)。阿奇黴素阻斷自噬，可能使囊性纖維化患者易患分枝桿菌感染。《臨床研究雜誌》PMID：21804191