林道諾貝爾獎會議——Joke van Bemmel,染色質與表觀遺傳學

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這篇文章發表於《大眾科學》的前部落格網路,反映了作者的觀點,不一定反映《大眾科學》的觀點。


Joke van Bemmel(想象一下用荷蘭口音怎麼說 - 'y' 發 'j' 的音),是來自阿姆斯特丹荷蘭癌症研究所的研究員。這位充滿熱情的 29 歲 van Bemmel 即將完成她的博士學位,目前正在申請尋找理想的博士後職位。她的夢想是:“只是做好的、酷的、有趣的科學。”

她很高興告訴我關於染色質研究,這是她與實驗室其他人一起完成的研究,去年發表在Cell雜誌上。染色質是細胞核內蛋白質和 DNA 的結合,並且“對於轉錄的調控非常重要”,研究人員寫道。Van Bemmel 告訴我,現在說對染色質型別的基本研究將產生什麼樣的影響還為時過早。

當我們坐在林道漂亮的海港邊時,我們討論了到目前為止會議中提出的一些重大問題,以及她的職業生涯走向。閱讀我們對話的文字記錄如下:


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問:您如何看待用於增強智力的認知增強藥物——如果它們沒有副作用?

這是一個倫理問題!直覺上,我會反對它。這只是一種直覺。我認為每個人都有自己的天賦,在不同的層面上——可能是音樂才能,可能是木工。智力有很多種;如果你以這種方式談論藥物,它只是一種智力。

問:細菌抗生素耐藥性是否像媒體描述的那樣構成巨大威脅?

是的,因為越來越清楚地表明我們確實存在問題。耐藥性不斷變化,我們無法跟上它的步伐。正如我們在會議上聽到的那樣——諾貝爾獎獲得者 Ada Yonath 關於核糖體的演講就是一個很好的例子。[Yonath 說,抗生素耐藥性“幾乎是醫學中最可怕和最大的問題。”]

問:目前醫學/生理學領域最熱門的研究領域是什麼?

我認為目前的研究方向是實驗室工作與大資料集的結合。不再是單個基因、單個相互作用或單個位點……一切都走向全基因組。在蛋白質組學中,同時研究多種蛋白質。端粒酶的演講也是如此,諾貝爾獎獲得者 Elizabeth Blackburn 在演講中談到了用機器人同時檢測許多人的端粒。我認為這就是未來的方向,建模資料、分析大資料集和實驗室工作的結合。

問:到目前為止,人類健康是否因基因組測序而得到改善?

我不確定我是否能說它受益多少,但它受益的程度低於預期。最初的想法是,一旦我們瞭解了基因組,我們就能夠做任何事情,一切都在基因組中。但是,它似乎並沒有所有的答案。即使你瞭解基因組,你仍然不知道所有的編碼區域,即使你知道它們——調控中還有很多事情發生。這些事情比人類基因組計劃時期認為的要重要得多。

[然而,] 許多不同基因組序列的可用性確實對該領域的研究做出了很大貢獻。因此,這是一種貢獻,但它不是一切的答案。當然,談到個性化醫療,它確實對這部分有所貢獻:如果你知道一個人有什麼突變,什麼型別的癌症,你就可以預測哪種型別的治療會有效,哪種不會。

問:您能談談您的研究嗎?

 

這又回到了我說的瞭解基因組並不能讓你瞭解一切的觀點。因此,我們研究染色質,它是蛋白質與 DNA 的結合,這些蛋白質影響基因的表達水平和基因組的包裝。我們想知道的是:我們能否生成染色質作用的全域性圖景?已經觀察到存在非活性和活性染色質,並且被轉錄的 DNA 與關閉的 DNA 的包裝方式不同……我們選取了許多蛋白質,並決定檢查它們與基因組的結合位置,然後我們用 53 種蛋白質做到了這一點。我們研究了不同的組合,實際上發現了五種不同型別的組合。這非常酷。

 

我們發現實際上有兩種不同的活性型別,並且它還與不同的基因功能相關:其中一種與管家基因有關,即你在每種細胞型別中始終需要的那種,另一種則更具組織特異性,調控也更具體。第五種是完全非活性型別,比已知的兩種非活性型別更非活性。這是一個很好的發現。

問:您的研究有何意義?

 

這仍然是一個長遠的目標,因為這是在果蠅Drosophila 基因組中完成的,因為果蠅的基因組小得多,同源物也較少。如果你想在人類身上做同樣的事情,你需要更多不同型別的蛋白質,所以直接來說,我想不出任何東西。但是,瞭解事物的調控方式,就為了解哪些地方出了問題打開了道路。在癌症中,不僅會發生突變,而且還有很多基於基因調控或表觀遺傳學而出錯的事情。

 

注:表觀遺傳學有點棘手,我們只研究了一組細胞。這可能會令人困惑,但它密切相關。我們研究了一種細胞型別,而不是遺傳性。

 

問:您對未來的願望是什麼?

 

我確信那將是做好的、酷的、有趣的科學。我肯定會嘗試留在科學領域——我非常喜歡它。我喜歡一位諾貝爾獎獲得者昨晚說的話:“嘗試一下,看看會發生什麼——你總是可以像其他人一樣找到一份真正的工作”。他可能是對的。我們都在做我們真正喜歡的事情,我們應該這樣做,並在它持續的時候享受它——我希望它能持續很長時間。

 

問:您職業生涯中最大的挑戰是什麼?

 

在科學領域,你總是可以學習並從同事那裡獲得建議,我們都渴望學習。你可以花時間在上面,它非常靈活。所以我認為最大的挑戰只是找到正確的職業道路——同時擁有個人生活!

 

問:您對這次會議感覺如何?

 

我喜歡的是,每位獲獎者對演講都有不同的看法:有些人做鼓舞人心的演講,你可以放鬆地坐著,而且很有趣;或者有些人關注他們也有私人生活和家庭這一事實,聽到即使是諾貝爾獎獲得者也有生活,這令人感到欣慰;還有一些人會告訴你一些你還不瞭解的領域。這很愉快。

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關於作者: Christine Ottery 是一位自由科學作家,為衛報TheEcologist.co.ukSciDev.net連線雜誌撰稿。她最近畢業於英國倫敦城市大學的科學新聞碩士專業。她的部落格是 Open Minds and Parachutes,推特賬號是 @christineottery。

文中表達的觀點是作者的觀點,不一定代表《大眾科學》的觀點。

交叉釋出在林道諾貝爾獎社群的官方網站上——林道會議的互動之家:研究人員肖像:Joke van Bemmel

Christine Ottery is a journalist with a very broad range interests and a MA in science journalism from City University. In the past year she has written about art and science for the New Scientist, technology for Wired UK, neuroscience for the Dana Foundation, international development for SciDev.net, 'the female Viagra' for Comment is Free, and the environment for TheEcologist.co.uk and the Guardian. On top of all this, Christine has been known to blog, tweet, present podcasts, deliver talks and film and produce for online broadcast.

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