細菌“魚叉”從環境中攫取裸露 DNA,用於性行為和“零食” [影片]

天然細菌轉化之所以發生,要歸功於稱為菌毛的粘性柔性纖維

帶有不同菌毛的霍亂弧菌Vibrio cholerae

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本文發表於《大眾科學》的前部落格網路,反映了作者的觀點,不一定反映《大眾科學》的觀點


細菌像其他人一樣喜歡性行為。當然,在它們的領域中,性行為是獲取或捐贈任何數量的 DNA,而不是基因組爭奪的全接觸運動。

20 年前我上學的時候,人們認為細菌可以透過三種方式實現這一點:透過直接攝取環境中的裸露 DNA;透過病毒在細菌之間穿梭時意外轉移細菌 DNA;以及透過結合,在這種結合中,細菌進行著大多數人會認為是夫妻探望的行為。它們透過稱為菌毛(!)的長而細的隧道轉移小環狀 DNA。

當我想到第一種方法——直接攝取裸露 DNA,也稱為轉化——我有一種想法,認為在虛弱的時刻,細菌細胞壁不知何故裂開,DNA 偷偷溜進去或被吸進去。教學方式相當模糊。查閱我的舊微生物學教科書,我看到即使在那時,人們也知道存在某種蛋白質——被認為嵌入在細胞膜中——充當從街上撿到的 DNA 的看門人。


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我剛剛學到的是,感謝印第安納大學的科學家上週在《自然微生物學》雜誌上發表的一項研究,我應該想象的更像是本影片右側的幀,其中自由漂浮的 DNA 被標記為紅色

細菌利用魚叉狀的感受態菌毛從環境中奪取裸露 DNA,然後將其拖回細胞內,就像聚會者用牙籤叉雞尾酒香腸一樣。這種類比並不像您想象的那麼牽強,因為漂浮在環境中的 DNA 既可以是食物,也可以是性伴侶(儘管要理解這一點很奇怪)。

科學家選擇用於這項研究的生物是霍亂弧菌Vibrio cholerae——在過去兩個世紀中,它給數千萬人類帶來了死亡——但也是一種喜歡將事物混合在一起的細菌,如果您明白我的意思。科學家們很好奇這到底是如何發生的。

我們為什麼要關心細菌如何發生性行為?拋開偷窺癖不談,細菌的性行為是生物體傳播抗生素耐藥基因、改變偽裝以及在宿主戰爭中獲得新策略的方式。瞭解它們“如何做”可能有助於將未來的死亡傳播降至最低。

特別是,科學家們對菌毛的作用感興趣。菌毛是由稱為菌毛蛋白的蛋白質構建的管狀結構。菌毛可能多次進化用於多種用途。除了在結合中的“交配”功能外,一些菌毛還透過棘輪式運動在表面上移動細菌。

在過去十年左右的時間裡,科學家們已經意識到感受態菌毛是細菌轉化的媒介——也許是主要的媒介。一種情況是,菌毛抓住 DNA,並在菌毛收縮時將其拉入細菌內部。

另一種假設是,菌毛開啟一個稱為分泌素的細胞膜孔蛋白,允許 DNA 向內擴散,更像是我在學校想象的情景。

科學家們說,這兩者之間的主要區別在於菌毛是否可以結合 DNA。此過程的靜止影像顯示 DNA 懸掛在菌毛的尖端,但很難知道這是否是巧合。作者認為,影片片段會更具說服力。

因此,他們決定嘗試一些顯而易見但以前沒有人嘗試過的事情,因為沒有人知道如何做到。他們想出了一種方法,用熒光分子標記活體霍亂細胞的菌毛和環境 DNA。然後他們關掉房間的燈,開啟黑光燈,觀察發生了什麼。結果就是您已經看過的影片。

他們認為這是如何實現的?

在兩個嵌入在內細胞膜中的 ATP 驅動的馬達 PilB 和 PilT 的幫助下,細菌可以伸出和縮回菌毛。這些酶像彈出珠子一樣,在基部將菌毛蛋白卡在一起或拉開。

霍亂弧菌中的菌毛構建或破壞發生得很快。在有利條件下生長的細胞中,大約一半在約一分鐘內至少產生一根一微米長的菌毛。正如您在影片中看到的,它們也可以變得更長!(其他細菌可能使用短得多的菌毛。長菌毛似乎對於從 生物膜 上而不是從環境中自由漂浮的物質中奪取 DNA 很有用)。

作者提出的菌毛介導的 DNA 攝取模型。 OM = 外膜,IM = 內膜,PG = 肽聚糖,ComEA = 棘輪蛋白,PilQ = 分泌素孔。紫色橢圓形是菌毛蛋白亞基。 來源:Ellison 等人,2018 年

該團隊使用多種方法,包括顯示菌毛將標記的 DNA 拉向細胞的熒光顯微鏡影片,證明感受態菌毛在其尖端與雙鏈 DNA 結合。然後,透過 PilT 在其基部去除菌毛蛋白亞基來收縮菌毛。當他們物理阻止菌毛收縮時,DNA 攝取量下降了 100 倍,即使 DNA 仍然與菌毛結合。

當 DNA 到達細胞膜時,它面臨著一個看似兩難的境地:它必須穿過的孔,稱為 PilQ,比摺疊 DNA 鏈的寬度小得多。沒問題。作者說,看起來,ATP 驅動的 PilT 透過猛拉 DNA 穿過狹窄的孔徑來穿針引線。然後,漂浮在內膜和外膜之間空間中的稱為 ComEA 的棘輪蛋白抓住 DNA,並像海上船舶上的搶救人員一樣,用力地將獎品一路拖過舷窗。

參考文獻

Ellison, Courtney K.、Triana N. Dalia、Alfredo Vidal Ceballos、Joseph Che-Yen Wang、Nicolas Biais、Yves V. Brun 和 Ankur B. Dalia。“DNA 結合 IV 型感受態菌毛的收縮啟動霍亂弧菌自然轉化過程中的 DNA 攝取。自然微生物學 (2018): 1.

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