流鼻涕、咳嗽、發燒：患者每天都會帶著這些典型的呼吸道感染症狀來到診所。但罪魁禍首是可以用抗生素攻擊的細菌，還是更難用藥物靶向的病毒？通常醫生無法確定。但研究人員表示，他們正接近於一種準確的檢測方法，可以在醫生辦公室快速做出判斷。
面對不明感染，醫生有時會要求進行常見細菌（如鏈球菌）的實驗室檢測。或者他們可能會立即嘗試抗生素，這種決定僅僅基於症狀的強度——但抗生素的過度使用會導致危險的耐藥菌株。“當能夠快速區分時，我們可以確保不會不恰當地處方抗生素，”杜克大學傳染病專家以法蓮·察利克說。2016年，他和他的同事開發了一種實驗室檢測方法，將常見的呼吸道症狀與病毒性、細菌性或非感染性病因聯絡起來。它的原理是每種病原體都會啟用一組不同的基因，改變它們的RNA或蛋白質產量，而這種檢測可以從小血樣中發現這些明顯的“基因表達”特徵。
該團隊最近與一家名為BioFire的公司合作，加速了這項檢測，使其在一小時內產生結果。這項新流程在600多名急診室患者身上進行了測試，用於一項發表在《重症監護醫學》上的研究，細菌感染的識別準確率達到80%，病毒感染的識別準確率接近87%。察利克評估的一種常見的實驗室檢測方法的準確率約為69%。其他方法需要耗時的培養，或者只能確認醫生決定檢測的特定病原體。
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斯坦福大學計算免疫學家普爾韋什·卡特里說，快速和綜合地檢查基因對病原體反應的技術是最近才開發的，他沒有參與這項研究。PCR方法擴增RNA是關鍵的分析步驟，現在可以在15到20分鐘內完成。卡特里共同創立了Inflammatix公司，該公司即將釋出自己的快速檢測方法，“以判斷是否存在感染，可能是哪種[病原體]引起的感染，並提供有關嚴重程度的資訊。”
聖路易斯華盛頓大學兒科傳染病專家格雷戈裡·斯托奇說，幫助限制呼吸道感染抗生素過度使用的工具“可能對遏制抗生素耐藥性的上升產生巨大影響”，他沒有參與這項研究。斯托奇希望，儘管來自不同人群和患有某些既存疾病的人可能會表現出不同的基因表達模式，但未來的工作將考慮到這些差異，以確保所有人的結果都可靠。