人們常常將貧民窟高發病率歸咎於醫療服務不足，但服務問題並非貧困社群比富裕社群情況更糟的唯一原因。富裕和貧困地區之間的傳染病可能在基本的生物學水平上存在差異，而這些差異可能會削弱旨在對抗它們的疫苗。
我的同事和我已經在巴西貧困地區的風溼性心臟病中看到了這些影響。這種疾病幾乎已在高收入國家消失，在這些國家抗生素很容易獲得，但它是欠發達國家心臟病的主要原因，而且通常是致命的。該疾病是由 A 組鏈球菌或 GAS 細菌引起的反覆喉嚨感染引起的。當身體的免疫系統攻擊這些微生物時，心臟瓣膜細胞中一些看起來類似於細菌蛋白質的蛋白質也會受到攻擊。
針對 GAS 的疫苗可以阻止此類感染。但細菌是難以對付的目標。這些細菌有 120 多種不同的菌株，由這些病原體引起的典型喉嚨痛可能是由其中任何一種菌株引起的。每種菌株都有一個不同的基因版本，該基因編碼 M 蛋白，M 蛋白是細菌外膜的關鍵組成部分。為了製造一種實驗性疫苗，研究人員加入了來自 26 種常見菌株的 M 蛋白，試圖確保免疫力。然而，當科學家觀察非歐洲和非北美 GAS 感染患者時，這 26 種類型出現得頻率要低得多，甚至根本沒有出現。雖然這些菌株在高收入國家（疫苗的開發地）很常見，但在其他地方卻很少見，疫苗在其他地方的效果會較差。
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即使在同一個城市內，也存在生物學差異。我的研究團隊比較了巴西薩爾瓦多貧民窟和富裕社群兒童的 GAS 菌株。一個社群中菌株的集合被賦予一個稱為多樣性指數的數字。具有不同 M 蛋白基因的菌株數量越多，指數越高。富裕兒童的 GAS 菌株多樣性指數（他們就診於私人診所並且可以負擔得起私人保險）接近高收入國家的報告，約為 0.90。但貧民窟兒童的指數更高，約為 0.96。還有另一個區別：在高收入國家最常見的兩種菌株佔富裕巴西兒童 GAS 樣本的 36%，但僅佔兩個貧民窟診所樣本的 19%。如果這種實驗性疫苗要應用於薩爾瓦多的兒童，那麼它在貧民窟的效果會差得多。
貧民窟中 GAS 菌株多樣性較高可能是細菌透過來回交換基因而發生變化的結果。當存在極端的人口擁擠時，交易可能更容易，這意味著不同細菌細胞之間更頻繁的接觸和更多的基因交易機會。菌株多樣化可能會增加對心臟產生不良免疫反應的機會。
在目前廣泛使用的宮頸癌疫苗中，細菌水平的差異也被認為是一個潛在的問題。這些注射針對引起癌症的人乳頭瘤病毒或 HPV 的菌株。然而，研究表明，居住在美國東南部某些地區的非裔美國婦女感染了不同的 HPV 毒株。我們不知道病毒型別的種族和地域差異最終是否會影響疫苗的有效性。我們現在知道的是，決定療法是否有效的不僅僅是去診所就診，還有疾病驅動細菌之間的差異——社會環境造成的差異。