幾十年來，科學家們一直熱衷於尋找生物學解釋，以說明為什麼有些人是跨性別人士。這種為跨性別者以及更廣泛的 LGBTQ 人群的存在尋找生物學解釋的衝動，源於需要對抗一些基督教右翼組織宣揚的有害言論，即同性戀或跨性別是一種罪惡的選擇。這種言論被極端化使用，為所謂的“治癒”療法（即轉換療法）的存在和持續推行辯護——這種做法長期以來被認為對 LGBTQ 個人有害，並受到多個醫療機構的譴責。 尋找跨性別的生物學原因——也稱為“生物本質主義”——可能出於好意，但這是一條危險的道路，幾乎沒有留下真正理解性別和性別認同的空間。
對跨性別生物學基礎的大部分研究都在神經科學領域。荷蘭神經科學研究所的 Dick Swaab 進行的驗屍研究表明，跨性別者和順性別者之間存在多種大腦結構差異。 這些差異似乎表明，跨性別女性和男性的大腦結構比出生時被指定性別的順性別個體，更類似於與其性別認同相同的順性別個體的大腦。 最近，該領域已從驗屍腦分析轉向 功能性核磁共振成像研究。 先前的研究表明，順性別男性和女性在執行空間推理任務時，大腦活動區域有所不同。 該研究團隊發現，與順性別女孩相比，順性別男孩和跨性別男孩（出生時指定為女性且正在接受青春期抑制治療）在執行任務期間具有相似的啟用模式。
當對原因的追尋繼續進行時，生物本質主義論點的陰暗潛力正變得越來越明顯。 生物本質主義，或相信跨性別存在生物學基礎的觀點，並不等同於接受跨性別人士。 在 2017 年，研究人員 Boby Ho-Hong Ching 和 Jason Teng Xu 向一組大學生展示了三篇關於性別差異具有生物學基礎的不同支援程度的文章，然後評估了學生對跨性別的偏見程度。 與其他兩組相比，接觸到生物本質主義觀點最強烈的文章的學生，表現出對跨性別人士的偏見有所增加。 還有研究表明，僅僅相信性取向是天生的，並不會轉化為對性少數群體的積極態度。
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生物本質主義觀點的另一個問題是，它支援了一種論點，即跨性別人士存在某些缺陷或可以被修復。 2018 年發表在《臨床精神藥理學和神經科學》雜誌上的一篇文章聲稱，在跨性別人士中發現的大腦結構差異源於他們選擇的生活方式，並且“跨性別者可能會被文化背景化的行為所驅動……並且可以透過嘗試享受自然的性關係來適應他們最初的生物性別。” 這是一個生物本質主義觀點被用來論證和證明“治癒”方法（在這種情況下，聽起來像是轉換療法的等同物）的明顯例子。
最後，對生物本質主義模型的持續推動，錯誤地且不可避免地否定了許多跨性別或非二元性別個體的經歷。 社會上存在一種特權的跨性別敘事：一種符合醫學、歷史和學術界對變性所期望的敘事。 這種可接受的跨性別敘事包括線性變性（從社會性別到激素再到最終手術）和二元性別變性（從男性到女性或女性到男性）。 然而，這種敘事未能捕捉到跨性別或非二元性別 (TGNB) 經歷的現實。 人們走向真實性別認同的道路與個人故事的任何其他組成部分一樣多。
這種觀點更符合當代對性別的理解，性別與其說是一種與生俱來的東西，不如說是一種動態的、關係性的東西。 Florence Ashley，一位跨性別女性法學家和生物倫理學家，在《臨床兒童心理學與精神病學》雜誌上寫道，“性別不是我們需要挖掘的與生俱來的東西，而是在我們收集新的世界體驗時不斷重塑自身的東西……變性只是我們探索性別的另一種方式。” 生物本質主義模型鼓勵了一種有缺陷的動態，臨床或學術界人士作為準確性的評估者，而 TGNB 個人作為需要證明自身合理性的主體。 正如 Ashley 所說，“我們必須摒棄試圖評估性別認同主張的真實性和真實性的做法。”
個人不應需要證明自己的性別認同，就像某人不需要證明自己的眼睛顏色一樣。 雖然尋找跨性別的生物學基礎很有趣且通常是出於好意，但需要重新考慮甚至完全停止這種尋找。 至少，這種尋找的支持者需要補充以響亮而熱烈的訊息，即利用這項研究來評估某人是否真正“跨性別”是錯誤的，這剝奪了他們的自主權和真實的身份。