威爾·萊特 (Will Wright) 在開發備受讚譽的電腦遊戲《孢子》時，採訪了幾位生命科學家。他詢問他們，自然界實際上是如何完成他試圖在遊戲中模擬的東西的——其中包括生命早期階段的發展及其進化。（該遊戲的一些廣告牌標語是“進化從 Spore.com 開始。”）萊特諮詢的科學家包括加州大學伯克利分校的遺傳學家邁克爾·萊文 (Michael Levine)；芝加哥大學的古生物學家尼爾·H·舒賓 (Neil H. Shubin)；以及賓夕法尼亞大學醫學院的外科醫生漢塞爾·斯特德曼 (Hansell Stedman)。
但是，儘管投入了大量研究，《孢子》在複製自然選擇進化的內在運作機制方面，表現出喜憂參半的成功。從積極的方面來看，在遊戲和現實世界中，個體之間都存在競爭：達爾文著名的“生存鬥爭”。兩者中，更適應的生存下來，適應性較差的則被淘汰，複製了適者生存的基本進化原則。在遊戲和現實生活中，簡單的實體發展成更復雜的實體，這種模式是達爾文進化論的一個常見特徵，儘管不是必然的特徵。最後，在《孢子》和自然界中，生命形式往往是兩側對稱的，儘管現實生物（如變形蟲）以及《孢子》中的一些單細胞生物也存在例外。
《孢子》包含五個發展階段：細胞、生物、部落、文明和太空。然而，實際運作的進化與《孢子》的動畫版本之間存在一些顯著差異。首先，在遊戲的“細胞”和“生物”階段，生物體在實現某些目標時會贏得“DNA 點數”。進化到更高的存在級別是獲得 DNA 點數的問題，就像旅行者積累飛行里程以努力前往某地一樣。相比之下，在現實世界中，生物體透過隨機基因突變、有性繁殖和其他機制進化，而不僅僅是透過積累 DNA。
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其次，在遊戲中許多決定性時刻，玩家會被給予狹窄的選擇範圍，並且被迫從預定義的可能性選單中進行選擇。例如，在細胞階段，你必須選擇發展成食肉動物還是草食動物。在現實世界中，任何進化道路岔路口的可能性範圍都 гораздо 更大、更豐富且更不確定。
一般來說，進化以小步慢速進行。儘管理論家們對進化變化的精確速率存在爭議，《孢子》的移動速度卻相對較快，在許多情況下是以巨大的飛躍方式進行的，整個身體部位——手、腳、下巴、眼睛、四肢——被嫁接到生物體上並平穩地融入其功能中。這些奇蹟是由“生物編輯器”執行的，這是一個應用程式，允許使用者從預製、預組裝的身體部位調色盤中進行選擇，每個身體部位都可以通過幾次快速的滑鼠點選附加到生物體上。當然，這些零件箱中的各種物品本身並沒有進化，而是由遊戲創作者設計和儲備的。
進化是一個分支過程，多條血統同時並行運作。當單人玩時，《孢子》本質上是線性和一維的，玩家控制單個細胞或生物的活動。（在“部落”階段，玩家控制幾個部落成員的行為，但這些樣本現在在生物學上是固定的，不再發生大小和形狀的變化。）然而，當線上玩遊戲時，玩家與其他《孢子》玩家互動，並且可以從“孢子百科”下載他們的作品，“孢子百科”是大量生物（以及建築物、車輛甚至音樂等無生命物體）的集合。憑藉此功能，《孢子》接近了自然界中實際發現的並行級別。
這就引出了《孢子》與自然選擇進化之間最大的區別，即進化是一種沒有意識“選擇者”的湧現現象，而《孢子》顯然有一個：使用者。正是使用者在每個關頭選擇或反對事物：身體部位、特徵、行為、顏色、紋理、圖案、形狀。《孢子》實際上根本不是透過自然選擇進行的，而是透過人工選擇進行的。事實上，將玩家置於全能創造者的位置，使得這款遊戲更像是對智慧設計的模擬，而不是對現實世界達爾文選擇的模擬。
《孢子》很可能成為終極電腦遊戲，電腦動畫的最高水平。您可能會覺得它令人著迷或無聊，複雜或愚蠢，更像迪士尼而非達爾文。
然而，這是一種對某些人具有特殊吸引力的娛樂方式。行星科學家弗蘭克·德雷克 (Frank Drake) 是德雷克方程的作者，該方程用於估計我們星系中可能存在的外星文明數量。他說：“我認為這對孩子們來說是個好遊戲。它將在他們的頭腦中植入這樣的想法：地球（和其他地方）的生物並非總是相同的，物種來來去去，並且總的來說，生物的複雜性隨著時間的推移而增加。反過來，這應該鼓勵他們中的許多人學習科學，而最終，這可能是這款遊戲的最大好處。”
注：本文最初的標題為“孢子的科學”。