隨著國會勉強達成一項最終協議，以維持政府運轉至1月15日，全國各地的研究人員表示，由於長達16天的停擺，他們的工作（其中一些已經因預算削減而受損）將遭受持久的損害。
其中一些損害將是顯而易見的。據報道，研究人員不得不對大量實驗室小鼠實施安樂死，並修改預算計劃以適應延誤。其他影響將更為微妙。“研究是一個迭代的過程，並且經常發生‘頓悟’時刻，”美國公共衛生協會執行主任喬治斯·本傑明說。“我們將永遠不知道錯過了多少這樣的‘頓悟’時刻。”
健康監測可能需要一段時間才能恢復。每年秋季，美國疾病控制與預防中心都會開始監測流感，識別新出現的流感毒株並制定疫苗接種計劃。停擺迫使該機構讓8,754人休假——約佔其員工的三分之二——削弱了該機構監測流感和支援州及地方監測工作的能力。範德比爾特大學醫學院的流感專家、國家傳染病基金會前主席威廉·沙夫納說，疾病控制與預防中心現在應該會收到來自各州的大量請求。“當政府重新開放時，將會出現大量的請求，因為[各州]都在觀望，並且會有一個積壓需要評估。”
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在停擺期間，許多試圖在血癌、兒童癌症和艾滋病毒方面取得進展的專案，其基本實驗室操作陷入了停滯，隨著政府重新開始運作，可能會產生連鎖反應。例如，國家兒童健康與人類發育研究所的胡安·博尼法西諾的實驗室發現了一種特定蛋白質在無症狀感染髮展為艾滋病過程中的作用，但由於停擺，對一類新的潛在艾滋病毒藥物的測試不得不停止。由於停擺，一項針對血癌的新療法的試驗也無法啟動。
停擺的影響還威脅到跨境蔓延。公共利益科學中心食品安全專案主任卡羅琳·史密斯·德沃爾說，關閉導致許多聯邦資助的科學家無法參加國際會議。與跨大西洋消費者對話的布魯塞爾會議原定於月底舉行，該對話將來自大西洋兩岸的消費者組織聚集在一起討論食品和智慧財產權，但沒有美國代表承諾出席。她說：“目前尚不清楚我們是否能得到美國政府的代表。”
本傑明說，隨著當前的協議在1月份失效後，再次面臨政府停擺的威脅，一些研究人員可能會猶豫是否重新開始工作。他說，人們擔心研究人員可能需要在關鍵階段再次中斷工作，導致資料丟失和成本飆升。“你的研究資助不會僅僅因為它要花費你x更多的錢來做這個專案而增加，”他說。“在某些情況下，為該專案花費比預期更多的錢可能實際上會完全改變研究的進行方式。”