神創論者最喜歡的論點之一是，像眼睛這樣精巧的裝置——具有調節光線的虹膜、聚焦晶狀體、光敏細胞分層視網膜等等——不可能從達爾文進化論中產生。隨機突變怎麼可能自發地創造和組裝沒有獨立用途的部件呢？“半隻眼睛有什麼用？”神創論者嘲笑說，聲稱該器官是上帝存在的最直接證據。
事實上，即使是查爾斯·達爾文在《物種起源》中也承認，眼睛似乎對他的理論提出了異議。然而，透過觀察化石記錄、胚胎髮育階段以及現有動物中各種型別的眼睛，自達爾文以來的生物學家已經概述了可能導致我們所知的眼睛的漸進式進化步驟。
我們眼睛的基本結構在所有脊椎動物中都是相似的，甚至包括七鰓鰻，它們的祖先在大約5億年前與我們的祖先分道揚鑣。因此，澳大利亞國立大學的特雷弗·蘭姆說，到那時，眼睛的所有基本特徵一定已經存在了。但是，脊椎動物最接近的親屬，黏糊糊的盲鰻——一種具有軟骨顱骨但沒有其他骨骼的動物——只有 rudimentary 的眼睛。它們是皮膚下的圓錐形結構，沒有角膜、晶狀體和肌肉，其功能可能只是測量盲鰻生活在深海泥濘海底的昏暗環境光。
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蘭姆認為，我們的眼睛很可能是在我們的譜系與盲鰻的譜系分離後進化而來的，大約在 5.5 億年前。早期的動物可能在大腦上有感光細胞片，以區分光明與黑暗以及白天與黑夜。然而，如果這些斑塊像盲鰻一樣重新形成為袋狀結構，動物就可以區分光線來自哪個方向。進一步的小改進將使粗略影像的視覺化成為可能，就像鸚鵡螺的針孔相機眼睛一樣，鸚鵡螺是一種軟體動物。晶狀體最終可能從增厚的透明皮膚層進化而來。關鍵在於，在每個階段，“不完整”的眼睛都比其前輩提供了生存優勢。
生物學家計算，所有這些變化可能僅在 10 萬代內出現，這在地質學上只是眨眼之間。這種快速進化可能是必要的，因為許多無脊椎動物正在發展自己的眼睛。“那裡有一場真正的軍備競賽，”蘭姆說。“一旦有人有了眼睛並開始吃你，逃脫它們就變得重要了。”