幹細胞科學家常常對人們將他們的工作與克隆混淆感到惱火，儘管克隆在當今大多數胚胎幹細胞研究中不起作用。混淆的原因之一僅僅是這兩個領域都涉及創造胚胎。
另一個原因可能是時間上的巧合：人類胚胎幹細胞在多莉誕生後不久首次被培養出來，評論員立即指出了將這兩項發現結合起來的潛力。術語“治療性克隆”被創造出來，用於描述建立克隆胚胎作為胚胎幹細胞的來源；胚胎在此過程中被破壞。相比之下，生殖性克隆將從克隆的胚胎中產生嬰兒。
然而，不可否認的是，克隆是幹細胞研究議程上的一個重要專案，因為它似乎是克服細胞和器官移植嚴重臨床問題——免疫排斥——的最佳方法。免疫系統會攻擊任何與患者基因不完全相同的移植物。即使是匹配良好的移植也需要終生使用免疫抑制藥物進行治療，這些藥物具有嚴重的副作用，包括增加感染和癌症的易感性。
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治療性克隆使用體細胞核移植 (SCNT)，這項技術誕生了多莉：將患者的一個細胞核轉移到捐贈的卵子中，該卵子自身的細胞核已被移除。然後刺激卵子，使其表現得好像已經受精，發育成胚胎，該胚胎可能是與患者具有相同 DNA 的胚胎幹細胞的來源。（克隆的反對者指出，同一個胚胎可以植入子宮並長成嬰兒。）
不幸的是，體細胞核移植是一個效率低下的過程，無論是在動物還是人類身上。去年，首爾國立大學的黃禹錫及其同事首次在科學上可信地描述了人類克隆；他們使用 242 個卵子獲得了 30 個早期胚胎，從中僅獲得了一個可行的胚胎幹細胞系。韓國有用於研究的卵子捐贈文化，這使科學家能夠獲得高質量的卵子。
事實上，即使治療性克隆可以提高效率，也很難想象如何才能獲得足夠的人類卵子，以便在臨床上大規模使用該程式（除非出現不可預見的技術突破）。
然而，在更近的將來，科學家們希望將治療性克隆作為一種研究工具，從而為疾病提供新的見解。雖然可以透過從已知攜帶單個缺陷基因的胚胎中提取胚胎幹細胞來研究囊性纖維化等遺傳性疾病（參見主要文章），但對於由多種或未知因素引起的疾病來說，這是不可能的。
上個月，韓國黃禹錫的研究小組宣佈從患有遺傳性疾病或脊髓損傷的一系列患者身上提取了克隆的胚胎幹細胞系。該過程的效率也得到了提高：185 個捐贈的人類卵子產生了 31 個克隆胚胎和 11 個胚胎幹細胞系。實驗室測試證實，每個細胞系都與從中提取細胞的患者在免疫學上相容。
與此同時，其他研究人員正在尋找減少幹細胞免疫排斥的替代方法。有些人甚至說整個問題可能被誇大了，因為胚胎和胎兒細胞本質上比成人細胞的免疫原性更低——他們指出，例如，用於治療帕金森病的神經移植將受益於這樣一個事實，即免疫系統在大腦中的活躍程度低於身體其他部位。
一種方法可能是以某種方式對幹細胞進行工程改造，使其免疫原性降低或與患者更相容。更徹底的替代方案是清除患者的免疫系統，並重建它以匹配移植的細胞。一些研究人員提出了開發與所有人相容的“通用供體細胞”的想法。但尚不清楚這些方法中的任何一種在實踐中是否有效。
也許更可實現，儘管仍然是一個雄心勃勃的長期專案，是透過建立具有數百或數千個細胞系的幹細胞庫，代表儘可能完整的免疫譜，從而最大限度地減少排斥，而不是完全避免排斥。任何需要幹細胞的患者都可以期待收到良好但並非完美的基因匹配。