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拋開倫理方面的考慮，克隆的一個主要問題是克隆動物是否與正常受孕的動物一樣健康。到目前為止，證據好壞參半。一些克隆牛的健康狀況良好，但多莉患有早發性關節炎，許多克隆動物都很肥胖。根據《自然遺傳學》雜誌今天線上發表的一份報告，從體細胞克隆的小鼠表現特別差。事實上，研究發現，克隆小鼠的壽命明顯短於自然出生的同類。
日本東京國立傳染病研究所的緒方敦夫及其同事克隆了十二隻雄性小鼠，並將它們的發育情況與透過自然交配或體外受精（IVF）出生的具有相同遺傳背景的動物進行了比較。第一隻克隆小鼠在 311 天后死亡，10 只在 800 天內死亡。相比之下，七隻自然受孕的小鼠中只有一隻在 800 天內死亡。體外受精小鼠的平均壽命也比克隆動物長。
研究人員確定，克隆動物患有嚴重的肺炎和肝功能衰竭，這些疾病並未影響對照組小鼠。他們還發現第二組克隆小鼠的抗體產生減少，這表明克隆動物的免疫系統在抵抗感染方面的能力不如普通動物。但是，由於其中兩隻克隆動物仍然存活並且可能達到正常壽命，科學家們警告說，克隆壽命可能取決於多種因素，包括遺傳背景和用作供體的細胞型別。