乙醇作為燃料，其支持者認為具有諸多潛在優勢。它主要可以在美國種植和提煉，無論是玉米、柳枝稷還是纖維素。它已經被用作燃料新增劑，以幫助汽油更充分地燃燒，從而減少空氣汙染。而且，因為它是由從空氣中吸收二氧化碳的植物製成的，所以它不會向大氣中增加導致氣候變化的額外溫室氣體。但一項新的研究表明，它不會有助於清除美國天空中的霧霾；相反，它可能會增加危險汙染的水平。
斯坦福大學的環境工程師馬克·雅各布森使用計算機模型評估瞭如果 2020 年車輛仍然主要以汽油為燃料，或者如果車隊轉變為 85% 乙醇和 15% 汽油的混合燃料（即所謂的 E85），美國的空氣汙染會如何反應。在後一種情況下，致癌物苯和丁二烯的水平下降，而甲醛和乙醛的水平上升：換句話說，結果是一樣的。
然而，由於燃燒乙醇可能會向大氣中新增更多形成霧霾的汙染物，它也會加劇這種空氣汙染的不良影響。根據雅各布森的說法，燃燒乙醇會向大氣中新增比燃燒汽油多 22% 的碳氫化合物，這將導致對流層臭氧增加近百萬分之二。這種地表臭氧，之前的研究已將其與肺部炎症、免疫系統受損和心臟病聯絡起來，反過來將導致地面臭氧相關死亡人數增加 4%，即每年額外增加約 200 人死亡。“由於其對臭氧的影響，未來的 E85 可能比汽油帶來更大的整體公共健康風險，”雅各布森在《環境科學與技術》上發表的研究報告中寫道。“可以有把握地得出結論，E85 不太可能改善未來汽油車輛的空氣質量。”
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但是，據明尼蘇達州聖保羅市上中西部美國肺臟協會清潔燃料和汽車技術副總裁蒂姆·格拉赫說，對乙醇燃燒釋放的氮氧化物和未燃燒的碳氫化合物的估計各不相同。“我們在多個測功機執行中運行了幾輛汽車並測量了尾氣排放，”他說。“[E85] 與低硫、低苯、含氧汽油相比非常好。” 具體來說，燃燒 E85 產生的形成臭氧的化合物比汽油少。而且，就應對全球變暖而言，E85 的好處超過了臭氧汙染的任何影響。“我們需要有序、持續地實施低碳燃料，並平穩過渡到低碳世界，”環境組織自然資源保護委員會的車輛政策主管羅蘭·黃說。“E85 是解決全球變暖的方案的一部分。”
由於他對乙醇的發現，斯坦福大學的雅各布森建議，從環境角度來看，電動汽車，例如插入現有電網的混合動力汽車或氫燃料電池汽車，可能被證明是未來汽車能源需求的更好解決方案。“我們在這裡沒有審查這項研究，”美國能源部發言人朱莉·魯吉耶羅說，該部門目前正在進行乙醇研究，作為布什總統增加乙醇作為替代燃料的計劃的一部分。“乙醇只是更廣泛的可再生能源組合的一部分。”
乙醇倡導者同意這一點。“乙醇不是靈丹妙藥，”行業組織可再生燃料協會的發言人馬特·哈特維格說。“它是解決能源安全以及解決全球變暖和環境問題的工具箱中非常重要的工具。但這並不是唯一的答案。” 雅各布森的研究可能揭示了這種替代燃料的缺點之一。