佩戴隱形眼鏡的人在享受這種眼鏡帶來的便利的同時，經常會感染不受歡迎的微生物。事實上，根據紐約大學朗格尼醫學中心微生物學家的一項廣泛分類研究，佩戴隱形眼鏡者的眼睛表面細菌多樣性高於不佩戴隱形眼鏡的人群。這種差異可能有助於解釋為什麼佩戴隱形眼鏡的人患眼部感染的頻率比不佩戴隱形眼鏡的人高出七倍。
為了繪製眼睛微生物群圖譜，研究人員對 11 名不佩戴隱形眼鏡和 9 名佩戴隱形眼鏡的人的眼睛和眼瞼的數百個拭子進行了測序。佩戴者攜帶甲基桿菌屬、乳桿菌屬、不動桿菌屬和假單胞菌屬細菌的比例約為不佩戴者的三倍。雖然前三種細菌通常是無害的，但假單胞菌屬進入劃傷的角膜會導致感染，引發紅腫、疼痛和視力模糊。如果不及時治療，這種情況可能會導致失明。紐約大學的麗莎·樸表示，這些相同的細菌群往往會無害地停留在我們的皮膚上。這意味著它們很可能在使用者插入隱形眼鏡的過程中搭乘使用者手指的“順風車”，這表明區域性微生物群發生了瞬時變化。
該研究的其他結果支援了這一結論：研究人員發現，佩戴一次性隱形眼鏡的人眼睛上細菌的組成與他們的皮膚細菌組成更為相似，而不佩戴隱形眼鏡的人則不然。“這不是一個明確的聯絡，”樸說，“但這非常有趣。” 鏡片本身的物理特性，例如它們對眼睛施加的壓力，也可能促進細菌生長。
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總而言之，研究人員在他們的樣本中識別出大約 10,000 種不同的細菌菌株。芝加哥大學的微生物學家傑克·吉爾伯特（未參與這項研究）說，瞭解患者眼睛中確切的微生物群可能有助於醫生使用靶向抗生素治療感染。
然而，為了完全避免感染，隱形眼鏡佩戴者應勤勉地遵循使用視力增強器的最佳實踐：在處理鏡片之前徹底洗手，使用新鮮的生理鹽水沖洗和儲存鏡片，並每三個月更換一次鏡盒。至少這樣，微小而危險的眼部訪客的歡迎墊應該會縮小。