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當醫生想要確定感染背後的病毒時,他們通常會求助於聚合酶鏈反應 (PCR),這是一種將分散的 DNA 片段“擴增”成足夠大的樣本進行研究的方法。然而,要使用 PCR,醫生必須知道要尋找哪種病毒,這需要猜測。
今年 9 月,哥倫比亞大學的研究人員團隊描述了一種可以消除這種猜測的新方法。這項技術有一個不幸的名字,叫做“脊椎動物病毒病毒組捕獲測序平臺”,或 VirCapSeq-VERT,它可以近乎完美地準確地找到給定唾液、組織或腦脊液滴中的每種病毒。該方法可以在不到 48 小時內同時分析 21 個樣本,估計每個樣本的成本僅為 200 美元。它還可以檢測新的或變異的病毒,只要它們與已知的病毒至少有 40% 的相同。“當有人進入急診室並最終進行各種檢查時,需要花費數千美元,”哥倫比亞大學梅爾曼公共衛生學院約翰·斯諾流行病學教授 W. 伊恩·利普金說。“這種方法非常便宜,並且可以透過準確告訴您您患有什麼疾病來實現個性化醫療。”
為了開發這項技術,利普金和他的同事首先建立了一個包含 1,000 多種脊椎動物病毒的資料庫。然後,他們合成了基因探針,以匹配每種病毒的每種毒株——共 200 萬個探針,每個探針都是 25 到 50 奈米長的 DNA 鏈。當探針遇到匹配的病毒時,它會與之結合。為了提取這些病毒,實驗室工作人員在混合物中新增直徑為 1 到 3 微米的磁珠;化學連線劑將磁珠與基因探針以及它們捕獲的病毒結合起來。然後,研究人員將裝有混合物的試管插入磁力架中,磁力架將探針拉到試管壁上。在研究人員分離並清洗探針-磁珠-病毒組合後,他們對病毒進行基因測序,從而消除了假陽性的風險。利普金和他的同事現在正尋求與商業供應商合作,以便將該技術推廣到世界各地的醫院和診所。他們還計劃新增針對所有已知傳染性細菌和真菌的探針。