當滔天巨浪從海面升起，於週五猛烈衝擊菲律賓時，它造成了立竿見影的破壞，摧毀了整個城市，癱瘓了群島中部的醫院和交通。據報道，數千人死亡或流離失所。
遠在天邊的沿海社群早已習慣太平洋的強大沖擊，但颱風海燕仍然將其夷為平地。海燕是目前有記錄以來最強烈的風暴之一，持續風速在每小時 320 公里左右，陣風達到每小時 370 公里，橫掃街道。貝尼尼奧·阿基諾三世總統週一宣佈進入國家災難狀態，突顯了這個國家遭受的破壞，該國上個月也遭受了 7.1 級地震的襲擊。當國際機構爭先恐後地為受颱風影響地區運送住所和物資時，該國正面臨嚴峻的公共衛生危害。
風暴摧毀了該國的一些現代化醫院，包括馬尼拉東南約 580 公里的塔克洛班市的地區醫院，那裡的基本醫療用品被衝入大海。援助組織的首要任務是分發基本藥物，以控制糖尿病等慢性病。工作人員還在努力安置住所、提供安全飲用水和衛生設施，即便該國還面臨本週晚些時候熱帶風暴的額外威脅。該國的偏遠地區，如薩馬島最南端的吉uan市，仍然無法進入。
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風暴碎片使街道無法通行，阻礙了腫脹屍體的移除，加劇了心理創傷。屍體本身不會構成太大危險——它們傳播細菌性疾病的風險很低——但惡臭會影響社群和援助人員，阻礙救援工作。天主教救濟會發言人湯姆·普萊斯說：“我知道菲律賓政府正在努力在這些地區最大限度地維持法律和秩序，民間社會正在努力帶頭[移除屍體]。”天主教救濟會是一個在菲律賓工作了幾十年的援助和發展組織。
援助組織現在正在談論該國易受水傳播疾病影響的問題。在人為或自然災害發生後，惡劣的衛生條件和擁擠的環境可能會導致腹瀉感染的爆發性蔓延，有時會造成致命後果。例如，如果該地區存在地方性霍亂水平，則可能發生霍亂爆發，菲律賓的情況就是如此。（霍亂也可能被輸入，2010年海地地震後就發生了這種情況。）由產毒素性霍亂弧菌引起的腸道感染會在人類糞便與水混合時迅速傳播。它會導致嚴重的脫水或因急性水樣腹瀉而死亡，有時伴有嘔吐。
考慮到這一點，世界衛生組織強調，確保獲得淨水藥片仍然至關重要，因為擁擠的生活條件會加速傳染病的傳播，從而加劇其他健康問題。隨著民間社會團體和國際力量的介入提供幫助，他們面臨著沒有電力、安全甚至水資源的巨大挑戰。“這就像去外太空旅行，”普萊斯說。“援助人員需要帶入一切物資，甚至包括他們自己需要的，這正在拖慢一切速度。”
在臺風路徑上綿延數千公里的數百個城鎮和村莊中，所有通訊都被切斷，這使得準備援助物資變得困難。“目前，我們正在相對的資訊黑洞中運作。我們從極少的資訊中得知情況很糟糕。但最令人擔憂的是我們看不到的情況，”無國界醫生組織在菲律賓的緊急協調員娜塔莎·雷耶斯在一份宣告中說。“老實說，沒有人知道這些更偏遠和鄉村地區的情況如何，我們需要一段時間才能全面瞭解情況。”
“目前，我們只是試圖將住所送入受災地區。人們仍然露天而居，”普萊斯說。他的組織正準備分發 32,000 個主框架帳篷和 32,000 個衛生包——通常每個家庭一個包——其中包括淨水藥片、基本衛生用品、肥皂、牙膏和塑膠桶等物品。
一旦住所和基本衛生設施到位，仍然會存在長期威脅。颱風破壞的長期影響也引發了對菲律賓一些地區農業未來前景的擔憂。聯合國糧食及農業組織警告說，由於風暴破壞了該國大片漁場和稻田，這種破壞可能會使該國面臨未來糧食安全的進一步風險。颱風襲擊時正值該國主要水稻種植季節的開始，該組織估計數十萬公頃水稻已被摧毀。