自青銅時代以來，採礦技術並沒有太大變化：要從礦石中提取有價值的金屬，需要施加熱量和化學試劑，如木炭。但這種技術需要大量能源，這意味著對於金屬濃度較低的礦石來說，成本太高。
礦工們越來越多地轉向細菌，這些細菌可以廉價且在環境溫度下從低品位礦石中提取金屬。透過使用細菌，礦業公司只需在廢堆中播撒微生物並用稀酸灌溉，就可以從金屬濃度低於1%的礦石中提取高達85%的金屬。在堆內，Acidithiobacillus 或 Leptospirillum 細菌氧化鐵和硫以獲取能量。當它們吞噬時，會產生活性三價鐵和硫酸，這會降解岩石物質並釋放出有價值的金屬。
生物技術也被用於清理舊礦山產生的酸性徑流，在此過程中提取最後一點珍貴的金屬。Desulfovibrio 和 Desulfotomaculum 等細菌可以中和酸併產生硫化物，這些硫化物與銅、鎳和其他金屬結合，將它們從溶液中拉出來。
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由於高品位礦石日益稀缺，生物採礦近年來取得了前所未有的增長。據礦業顧問 Corale Brierley 估計，全球近 20% 的銅來自生物採礦，自 20 世紀 90 年代中期以來，產量翻了一番。“礦業公司過去丟棄的東西，我們今天稱之為礦石，”Brierley 說。
下一步是將細菌清潔工應用於礦山廢料。威爾士班戈大學研究酸性礦山排水生物解決方案的 David Barrie Johnson 估計，細菌礦山清理需要 20 年才能實現收支平衡。“隨著世界走向一個減少碳依賴的社會，我們必須尋找能源需求更低、更自然的方式做事，”Johnson 說。“那是長遠目標，事情正朝著那個方向順利發展。”