在成為反政府抗議活動的焦點之前，馬盧爾國家野生動物保護區是數十名科學家進行研究專案的場所，旨在研究俄勒岡州東部高沙漠地區的植物、動物和古代文化。儘管有跡象表明，隨著對峙進入第四周，新聞釋出時，只有四名武裝分子仍在佔領該保護區，這場磨難可能很快就會結束，但人們越來越擔心民兵的活動可能會對保護區的生態系統和考古遺址產生長期影響。
馬盧爾的獨特之處在於它包含各種各樣的環境，包括山艾樹草原、鹽漠灌木叢、柳樹林、溼地、開闊的湖泊和潮溼的草地。這種多樣化的生態系統吸引了數百種鳥類，人類至少在9800年前就開始獵捕它們。“這對科學、參觀和觀鳥者來說都是至關重要的場所，”美國魚類和野生動物管理局（FWS）公共事務官員梅根·納格爾說，“但當我們審視數千年來的土地利用情況時，它對我們人類和我們的文化歷史也至關重要。”成千上萬件史前和歷史文物被儲存在保護區的總部，這些文物提供了對居住在馬盧爾的美國原住民和牧場主生活方式的見解。
西奧多·羅斯福於1908年建立了馬盧爾國家野生動物保護區，原因在於該地區獨特的生態系統和非凡的美麗，以及為了拯救遷徙的鳥類免遭獵殺至滅絕。該保護區是太平洋遷徙路線的重要組成部分，數百種鳥類使用這條遷徙路線，其中320種仍然經常光顧該地區。保護區的主要部分於1935年使用民用保護隊（CCC）的資金購買，並於1942年再次擴建。在此期間，CCC修建了道路、橋樑、運河、水壩和圍欄，目的是恢復棲息地，並使由FWS管理的保護區更容易進入和使用，以便每年接待超過10萬名遊客。
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據FWS稱，今天，該保護區有25個活躍的生物監測專案。這些專案旨在提供有關環境和動物物種如何變化的資訊。這種監測也有助於FWS就將放牧權租賃給牧場主做出決定，這是控制入侵草的重要工具。在該保護區進行的大部分科學研究涉及其種類繁多的植物和動物生命，但也包括重要的考古挖掘。
1月20日，保護區的考古工作成為佔領者反對政府的投訴之一，當時民兵釋出了一段影片，顯示其領導人之一羅伯特·“拉沃伊”·芬尼克和其他人檢查了從保護區回收的石器文物的紙板箱。芬尼克在週二與執法人員的對抗中喪生，他對文物的處理方式表示沮喪，並要求與伯恩斯派尤特部落建立聯絡，討論將文物歸還給他們。該部落的回應是制定了一項決議，呼籲美國內政部在最大限度內起訴武裝分子，理由是聯邦政府的條約義務。“我們與該部落有著長期關係，”馬盧爾考古學家卡拉·伯恩賽德談到原住民的後裔時說，“他們參與了我們在那裡所做的每一項工作。”
目前，該保護區正在進行一項考古調查，以重新定位一些在20世紀70年代發現的地點，他們也在工作中發現了新的地點。該保護區的考古工作僅限於有被破壞危險的地點。伯恩賽德的理念是，最好為子孫後代儲存保護區的考古遺址，而不是挖掘它們。
其中一個至今仍完好無損的地點恰好是武裝分子正在佔領的總部大樓。他們一直在這些建築物周圍的區域使用推土機。總部大樓和附近的史前遺址均被列入國家史蹟名錄。“如果那裡的土壤受到擾動，它們很可能已經影響了史前資源，”伯恩賽德說。破壞列入名錄的地點違反了1979年《考古資源保護法》，可能會增加武裝分子面臨的指控清單。
如果對峙沒有像許多人希望的那樣儘快結束，那麼進一步的破壞即將到來，因為人們無法進入保護區進行簡單的日常維護。例如，保護區湖泊和河流中的大部分水都來自附近山脈的融雪。“如果這些水沒有得到適當的轉移和管理，它會造成可怕的基礎設施破壞，並毀壞我們的大量棲息地，”馬盧爾的魚類生物學家琳達·貝克說，她正在努力控制正在破壞鳥類棲息地的入侵鯉魚的數量。每年的這個時候，維護人員通常都會修復運河、清理水壩中的碎屑、開啟堵塞的灌溉管道，並普遍採取必要措施，以保持水控制系統的正常執行。
如果正常執行沒有儘快恢復，自20世紀50年代以來保護區一直在努力根除的入侵鯉魚（在減少其數量方面取得了進展）可能會重新蔓延到其他地區。鯉魚會攪動它們所棲息的河流和湖泊底部的沉積物。許多鳥類需要用於築巢和覓食的植物物種無法在由此產生的渾濁水中生存。自20世紀20年代鯉魚入侵以來，在馬盧爾繁殖的水禽數量下降了90%。此外，許多鳥類（如沙丘鶴）賴以築巢的“潮溼草地”可能得不到足夠的水。馬盧爾野生動物生物學家費伊·希利將這種鶴類描述為“大型性感的鳥類”，是該保護區的主要觀鳥景點之一。馬盧爾有大約250對繁殖的鶴，約佔太平洋遷徙路線沙丘鶴種群的20%。此外，沒有足夠的潮溼草地棲息地可能會對數千只依賴馬盧爾作為覓食和築巢地的遷徙鳥類產生重大影響。
“我們希望在鳥類安全返回之前結束這一事件，”FWS太平洋區域副助理區域主管米爾·科貝特說。主要的鳥類遷徙從3月份開始，每個人似乎都渴望開始準備工作。正如納格爾所說，“人們希望恢復工作。”