在基地組織恐怖分子於2001年9月11日將飛機撞向曼哈頓的世界貿易中心大樓兩個月後，分析化學家約翰·巴特勒發現自己深夜還在實驗室工作，開發DNA分析方法，以從世貿中心廢墟中發現的數萬具燒焦的人體遺骸中識別911遇難者。回想起來，他仍然清楚地記得，為了解決這個困難的問題，數十名研究人員被招募到一起，他們都懷著一種為國家需求挺身而出的感覺。“人們想挺身而出，幫助國家，”他說。
十年後，巴特勒在國家標準與技術研究院的個人努力已經發展成為一個大型研究小組，研究混合、降解或汙染的DNA的法醫學，美國在9/11事件後發展起來的專業知識也已出口到世界各地，用於識別非洲、亞洲、波斯尼亞和伊拉克的群體暴行受害者。
這只是9/11事件導致研究方向蓬勃發展的一個例子。科學家和科學政策專家表示，聯邦政府對2001年恐怖事件（包括9月份的襲擊事件和10月份的炭疽信件）的反應，對美國在法醫學、生物防禦、傳染病、公共衛生、網路安全、地質學和基礎設施、能源以及核武器等多個領域的研究產生了深遠的影響。甚至社會科學也受到了“恐怖主義研究”的興起以及對風險分析領域威脅的新強調的影響。
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這種轉變的一個主要渠道是資金的可用性：美國國土安全部（DHS）於2002年由22個聯邦服務機構合併而成，直接是對9月11日事件的回應，其科學預算在2006年達到13億美元的峰值，之後又降至2011年的約7億美元。包括國家科學基金會、國家衛生研究院和美國能源部在內的主要科學資助機構也投入資金進行出於安全考慮的研究（在2011年，總的國土安全（這個數字不是指國土安全部，而是指所有機構的國土安全資金）研究預算為73億美元），並且與阿富汗和伊拉克戰爭相關的少量美國國防部資金也最終落入研究人員手中，例如，透過資助爆炸物探測和武器研究。
在生物防禦方面，如此多的資金湧入科學領域，以至於康奈爾大學的科學與技術研究專家朱迪思·雷皮甚至考慮過是否（借用德懷特·艾森豪威爾總統在1961年創造的術語）出現了一個“生物醫學-軍事-工業複合體”，其中科學家、軍方和遊說者合謀試圖保持資金來源。她駁斥了這個假設，認為美國的生物醫學科學仍然主要是一項民用事業，但表示9/11事件引入了“警衛、槍支和門禁”的裝飾，並增加了對可能被恐怖分子使用的病原體的研究的資助。
9/11事件後的一些變化涉及法規的增加。堪薩斯州曼哈頓的堪薩斯州立大學的獸醫和傳染病研究員，負責監督研究合規的傑裡·賈克斯說，許多生物醫學領域已經被如此多的新法規或對9/11事件前法規的加強執行所淹沒，目的是防止研究人員和他們處理的材料成為安全威脅。他說，關於特定病原體（需要特殊設施和處理的病原體）以及生物樣品和材料進出口的聯邦法規，減緩了科學家進行對公共和農業健康重要的研究的能力。“有人說，我們正在透過監管來削弱我們進行這類研究的能力，我認為這有一定的道理，”他說。
而且，一個主要的困難是移民問題。《2001年美國愛國者法案》施加了嚴格的新簽證要求，限制了來自世界各地的科學家和理科學生進入美國。美國科學促進會負責跟蹤該問題的科學和政策專案主任艾伯特·泰奇表示，這個問題在2003年達到頂峰，但此後有所改善，特別是在科學協會向國會遊說以及國家科學院的建議之後，國家科學院2009年的報告“超越“堡壘美國””和2007年的報告“超越匯聚的風暴”都是建議放寬規定的報告之一。但他說，這些政策對美國研究人員的合作和招募學生的能力產生了持久的影響。
泰奇補充說，安全問題在許多方面給美國科學蒙上了一層陰影，並指出在馬里蘭州貝塞斯達的國家衛生研究院先前開放的校園周圍豎起了鋼製安全屏障。“對我來說，”他說，“那個圍欄是9/11事件對科學的非常戲劇性的視覺衝擊。”