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腸道內寄居著數萬億微生物。它們吃你吃的東西。許多微生物專門發酵豆類、穀物、水果和蔬菜中的可溶性纖維。某些微生物物種擅長在腸道的粘液層中定植。粘液含有抗菌物質，使微生物群保持一定距離。但它也含有糖類，例如母乳中的糖類。一些微生物，通常是那些專門發酵纖維的微生物，可以在沒有其他食物時將這些糖類作為營養來源。纖維發酵的副產品滋養結腸內壁的細胞。一些副產品進入迴圈系統，可能會以某種方式校準我們的免疫系統，從而預防哮喘和克羅恩病等炎症性疾病。
