1950年4月1日，《紐約時報》刊登了一則聳人聽聞的頭版頭條新聞：“美國審查氫彈資料；3000本雜誌被焚燬。” 這篇報道的導語寫道：“《大眾科學》雜誌的編輯傑拉德·皮爾昨天揭露……，抨擊了原子能委員會的審查政策。” 文章繼續報道說，政府銷燬了物理學家漢斯·貝特原文的所有痕跡，熔化了印刷廠“令人反感的排字鉛字”，然後將“完整的校樣檔案”連同那3000本印刷品一起焚燒。
皮爾是皮爾斯啤酒家族的後裔，是最早認識到核研究對武器製造影響的記者之一，他面臨著審查、列入黑名單和監視。1943年至1944年，皮爾為《生活》雜誌報道時，曾看到戰時審查辦公室發來的一份電報，警告該雜誌某些主題，如“原子能”和“鈾”，現已被列為機密。“我把那份電報當作一份閱讀清單，”皮爾回憶道。在一次對皮爾的採訪中，約翰·霍普金斯大學的羅伯特·W·伍德憤怒地談到，一個秘密的曼哈頓計劃正在大量訂購他的光譜研究裝置。然而，這位物理學家弄清了這項機密事業的目的。“他們正在製造最可怕的武器，”伍德告訴皮爾。
意識到“原子時代”正在來臨，皮爾與《生活》雜誌的親密同事談到了創辦一份新的出版物，這份出版物應具有編輯獨立性，以便就科學的用途進行知情的討論。1948年，皮爾與《生活》雜誌的夥伴丹尼斯·弗拉納根和紐約的朋友小唐納德·H·米勒一起，重新推出了奄奄一息的《大眾科學》雜誌，並採取了簡單的編輯方針。由頂尖科學家向聰明的讀者解釋他們各自領域的發展，而《大眾科學》的編輯則將他們晦澀難懂的文字翻譯成通俗易懂的散文。這種編輯模式吸引了受過良好教育的讀者，最終吸引了包括阿爾伯特·愛因斯坦、尼爾斯·玻爾和弗朗西斯·克里克在內的150多位諾貝爾獎獲得者撰寫文章。
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在皮爾從《生活》雜誌招募同事後，當時是《時代》雜誌高階編輯的著名告密者惠特克·錢伯斯告訴聯邦調查局，“有三四個人離開了《時代》雜誌，成為了《大眾科學》雜誌的編輯。” 他還報告說他們“可能是共產主義同情者”，並錯誤地補充說，“一筆神秘的補貼”變得可以用來購買《大眾科學》雜誌。
1950年，《大眾科學》雜誌透過對氫彈進行為期四部分的調查，加入了核辯論。在第一部分中，科學家路易斯·裡德諾批評了製造這種毀滅性武器的決定，並譴責了“我們保密政策的破產”，該政策扼殺了公眾辯論。一個月後，在1950年4月刊中，物理學家漢斯·貝特懇求尋找方法“將人類從這場最終災難中拯救出來”，重新考慮總統制造新型超級炸彈的決定。由於他已在同事中傳閱了他的草稿，原子能委員會（AEC）已看過該手稿，並電報雜誌社，禁止出版貝特的文章，該文章已完成部分印刷。當皮爾要求提出具體異議時，原子能委員會回覆說，任何細節都可能危及國家安全。在一次閉門對抗中，原子能委員會最終同意允許出版，但要進行一些“儀式性的刪除”。
皮爾回憶說，在這個敏感時刻，米勒問原子能委員會的安全官員：“那麼，我們如何處理已經印刷的3000本雜誌？” 米勒隨後建議：“上面有很好的碎紙機。但是，你知道，有人可能會把碎紙片重新拼湊起來。也許最好燒掉它，你不覺得嗎？” 這些原子能委員會的安全人員對二戰期間納粹曾上演焚書事件的象徵意義渾然不覺，他們麻木不仁地同意了。所有那3000本雜誌都被焚燒了——這在美國幾乎是史無前例的。更增加了這一行為的嚴重性的是，該期雜誌刊登了愛因斯坦的一篇文章，提出了一個將物理學結合在一起的綜合場論。
然而，皮爾仍然心神不寧。他的雜誌是“一個非常脆弱的小機構”，發行量僅略高於10萬。“原子能委員會或其中的某個人隨時可以將此事洩露給眾議院非美活動委員會或喬·麥卡錫，”他想，“我們就要完蛋了。所以我給《紐約時報》打了電話，說我有一個故事。”
這一事件成為了皮爾所說的“全國性的隔夜轟動”，保護了他免受洩露國家安全的指控。《泰晤士報》的一篇社論支援《大眾科學》，警告說“審查員……有造成巨大危害的風險。”
皮爾的立場為他贏得了公眾的欽佩和更嚴密的聯邦調查局監視。特工報告說，皮爾和他的第一任妻子當時住在格林威治村，“積極參與‘第12街鄰居爭取和平組織’，該組織與斯德哥爾摩和平請願書有關”，這是一個倡導禁止核武器的團體。
在麥卡錫時代對共產黨人的政治迫害達到頂峰的1953年5月，一個參議院小組委員會傳喚了《大眾科學》雜誌的執行編輯萊昂·斯維爾斯基。儘管懷疑斯維爾斯基曾是《時代》雜誌秘密共產黨小組的成員，但皮爾提供了熟練的法律諮詢，使他得以毫髮無損地從參議院聽證會中脫身。
在1954年7月調查美國陸軍內部所謂的共產黨人時，參議院內部安全小組委員會傳喚了《大眾科學》雜誌的推廣主管斯蒂芬·M·費舍爾，他曾擔任亨利·華萊士1948年進步黨總統競選的 press secretary。在皮爾提供的能幹律師的幫助下，費舍爾透過承認自己是共產黨黨員，同時拒絕指名道姓，從而逃脫了起訴。但最具挑戰性的安全案件是皮爾自己的案件。當皮爾被邀請擔任美國公共衛生服務部門出版的一份期刊的顧問時，他的接受需要聯邦調查局的安全審查。皮爾說，該局認定，“我是一個顛覆分子，對美國不忠誠。”
在上訴到忠誠委員會時，聯邦調查局報告說，《大眾科學》雜誌“嘲笑了”羅森堡原子間諜案中的證據，皮爾說，“它確實嘲笑了。” 另一個缺點是他與哈佛大學天文學家哈洛·沙普利的友誼，沙普利是該雜誌的撰稿人，也是一位和平活動家，他駁斥了參議員約瑟夫·麥卡錫對他不忠誠的指控，稱其“不真實且含糊不清”。最後，聯邦調查局的報告指控皮爾是美國勞工黨的成員，這是一個與紐約市長菲奧雷洛·拉瓜迪亞結盟的進步團體，皮爾對此表示，“我當然是。” 儘管如此，他的名字還是從不忠誠的汙點中被洗清了。
所有這些異議確立了該雜誌在編輯獨立性方面的聲譽，贏得了訂閱者和廣告商。透過巧妙地操縱當時的歷史力量——新聞自由與國家安全——傑拉德·皮爾使他的出版物成為冷戰最寒冷時期美國科學政策批判性分析的重要論壇。