可能導致食物中毒的細菌種類潛伏在我們周圍。當國際旅行以及在託兒所等難以保持清潔的地方時，這些細菌尤其容易感染。感染通常會自行清除，但有時需要住院治療並大量服用抗生素才能清除。不幸的是，細菌對抗生素的耐藥性正變得越來越強。
最新的壞訊息來自四月，當時美國疾病控制與預防中心報告了一起宋內志賀氏菌爆發事件，該菌已對環丙沙星產生耐藥性——環丙沙星是最後一種可以殺死這種細菌的口服藥物之一。此後，《大眾科學》的一項調查顯示，這種令人擔憂的菌株在首次出現一年後仍在在美國傳播。
志賀氏菌通常每年在美國引起約 50 萬例腹瀉疾病和 40 例死亡。營養不良的兒童和免疫系統受損的人尤其容易發展成重症病例。症狀包括有時帶血的腹瀉、發燒和腹痛，通常持續約一週。
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這種細菌在美國自然存在，但到目前為止，人們通常在國際旅行時感染環丙沙星耐藥菌株。然而，在目前的疫情爆發中，許多患病的人最近沒有出過國，這證明了多重耐藥性細菌現在已在美國國內牢固立足。
美國疾病控制與預防中心已確認，根據《大眾科學》獨家獲得的資料（見下方圖表），從 2014 年 5 月到 2015 年 5 月，全國範圍內發生了 275 例環丙沙星耐藥性志賀氏菌病例。儘管這些數字看起來很小，但它們幾乎肯定只代表了環丙沙星耐藥性病例真實數量的一小部分。志賀氏菌感染應該向美國疾病控制與預防中心報告，但許多患病的人不會去看醫生。而那些去看醫生的人有時也不會接受志賀氏菌檢測，更不用說耐藥性檢測了。
弱勢群體是這次疫情中最受打擊的一些群體，包括與托兒中心、舊金山無家可歸者和費城艾滋病毒感染者相關的病例。少至 10 個志賀氏菌細菌就可能引起感染——這使得這種細菌幾乎無法察覺，因為它會在受汙染的食物和水中或人與人之間迅速傳播。
該病原體過去克服的其他藥物包括氨苄西林、鏈黴素和四環素。美國疾病控制與預防中心水源性疾病預防部門的醫療官員、四月份研究的主要作者安娜·鮑文表示，美國疾病控制與預防中心已在此次疫情中發現了一些病例，這些病例對目前所有可用的口服治療方案都具有耐藥性。下一道防線是更廣譜、更昂貴的抗生素，必須透過注射或靜脈輸液給藥。
雖然實驗室可以檢測環丙沙星耐藥性，但目前還沒有標準化的檢測方法來確定志賀氏菌感染是否對阿奇黴素耐藥，阿奇黴素是兒童的首選藥物。（美國食品和藥物管理局僅批准環丙沙星用於成人。）“幾乎沒有臨床實驗室進行此類檢測，”鮑文說，“因此，患者正在被有點盲目地治療，因為提供者不知道阿奇黴素是否是合適的選擇。”
報告的滯後時間是另一個問題。例如，舊金山正在追蹤的病例數量幾乎是美國疾病控制與預防中心確認為該市病例數量的兩倍——228 例病例對 119 例。舊金山公共衛生部傳染病控制與預防主任科拉·胡佛表示，他們有稍微不同的病例定義，因為作為負責調查此次疫情的城市機構，他們希望確保所有可能的患者都被識別出來；而且確認病例需要很長時間。公共衛生官員通常會跟進每位患者，而實驗室檢測可能需要數週時間。
確認志賀氏菌病病例既具有抗生素耐藥性又是同一次疫情的一部分可能需要大約一個月的時間，儘管時間長短不一。一般來說，一旦醫生確定了志賀氏菌感染，他或她會將其報告給城市或州公共衛生機構，並將糞便樣本送到實驗室以確認診斷。實驗室培養細菌，並在大約一週內將結果報告給醫生和機構。然後，衛生機構將病例報告給美國疾病控制與預防中心，美國疾病控制與預防中心透過國家抗菌素耐藥性監測系統及其國家實驗室網路PulseNet 對部分病例進行抗生素耐藥性檢測。PulseNet 對樣本病例進行的基因檢測結果可以在幾周內完成。
當單個病例的完整情況得到確認時，患者通常已經好轉。費城市公共衛生部疾病控制部門主任卡羅琳·約翰遜表示，她的部門通常懷疑病例是疫情的一部分，但在完整結果出來之前無法確定。
美國疾病控制與預防中心腸道疾病實驗室分部和 PulseNet 的負責人彼得·格納-施密特表示，實驗室將逐漸擺脫必須培養細菌才能識別它們的情況。隨著基因檢測變得更便宜、更容易獲得，州實驗室最終將能夠透過確定每個樣本的完整 DNA 序列來獲得該資訊。他說，這種方法有望更快地揭示抗生素耐藥性，但這可能需要數年時間才能廣泛使用這些檢測方法。
由於多重耐藥性志賀氏菌的威脅日益增加，美國疾病控制與預防中心和其他衛生機構建議醫生僅對重症病例開抗生素。志賀氏菌病實際上可以透過適當的補水和休息自行清除。預防因此是控制耐藥性志賀氏菌的最佳武器，鮑文說，特別是因為美國無法監管其他國家的抗生素過度使用，但這仍然會影響這裡的患者。
她說：“任何地方的抗生素耐藥性問題都是所有地方的抗生素耐藥性問題。”“在抗生素耐藥性方面沒有國界，我們都必須保持警惕。”