來自《自然》雜誌
預印本伺服器 arXiv.org 也許最為人所知的是理論物理學家和天體物理學家的領地。但 2008 年,凝聚態物理學家大量提交了未發表的手稿或預印本,他們希望在快速發展的鐵基超導體(稱為 pnictides)領域搶佔先機。現在,生命科學領域可能正處於他們自己的“pnictide 時刻”的風口浪尖,而群體遺傳學家正引領潮流。
在過去一個月中,領先的研究小組已在 arXiv 上釋出了關於南部非洲人1和歐洲人2遺傳歷史的備受矚目的論文。其他著名的群體遺傳學家也向該伺服器提交了基於方法的論文,該伺服器由位於紐約州伊薩卡的康奈爾大學託管。與物理科學預印本相比,該伺服器上的生物學論文數量仍然很少(見“生物學開放”),但康奈爾大學的理論物理學家 Paul Ginsparg 對此表示歡迎,他於 1991 年創立了 arXiv(參考文獻3),他希望這可能是一場鉅變。
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“如果生物學家姍姍來遲地加入了 20 世紀末的行列,那真是太好了,”他打趣道。“歡迎參加派對;遲到總比不到好。”
生命科學論文幾乎從 arXiv 成立之初就已存在,但生物學家通常避開這種方法,因為擔心被搶先發表,或冒犯期刊。直到 2003 年,該網站才專門為定量生物學或簡稱“q-bio”的論文設立了一個版塊。然而,過去釋出到該版塊的論文往往報告深奧的模型和方法,通常來自涉足生物學的物理科學家。
群體遺傳學擁有豐富的數學知識和基因組學的開放資料傳統,似乎是涉足預印本的理想候選者,預印本帶來了速度和公開討論的優勢。“我在物理學界長大,”德國蒂賓根馬克斯·普朗克發育生物學研究所的群體遺傳學家 Richard Neher 說,“對我來說,將東西放到 arXiv 上是很自然的事情。”自 2004 年以來,Neher 已經合著了十多篇提交給 arXiv 的論文。
儘管有這樣的例子,arXiv 上最著名的生命科學預印本之一來自微生物學,而不是群體遺傳學。一篇預印本是對 2011 年《科學》雜誌一篇論文的回應,該論文報告稱,來自加利福尼亞州湖泊的鹽單胞菌屬細菌可以將砷摻入其 DNA4,該預印本於 1 月份5出現在伺服器上,然後在本月6在《科學》雜誌上發表。然而,一位群體遺傳學家仍然參與其中——該論文的合著者,來自新澤西州普林斯頓大學和霍華德·休斯醫學研究所的 Leonid Kruglyak,在該領域工作。Kruglyak 說他將考慮將 arXiv 用於他實驗室未來的研究。
另一篇由著名遺傳學家提交的引人注目的論文於 7 月 23 日釋出,比較了 22 個非洲人群的基因組變異,以表明南部非洲和東部非洲人民之間存在古老的遺傳聯絡1。該論文的資深作者之一,馬薩諸塞州波士頓哈佛醫學院的遺傳學家 David Reich,通常在《自然》雜誌和《公共科學圖書館》期刊上發表文章,而加利福尼亞州斯坦福大學醫學院的合著者 Carlos Bustamante 是該領域的領導者。Reich 說,同樣在哈佛醫學院的第一作者 Joseph Pickrell 建議使用 arXiv。Reich 和其他合著者認為沒有充分的理由不將手稿釋出在那裡。“這可能是年輕一代進入並發現這種事情很自然的例子,”Ginsparg 說。
然而,加利福尼亞大學戴維斯分校的統計遺傳學家 Graham Coop 說,對於大多數生命科學家來說,預印本仍然“更多的是涓涓細流”,而不是趨勢。他和他的博士後、統計學家 Peter Ralph 於 7 月 16 日發表了一篇分析歐洲鄰近人群之間遺傳相關性的論文,Coop 對 arXiv 的潛力仍然持樂觀態度。“生物學將很快不得不完全擁抱這一趨勢:生物學比大多數領域更需要討論、評論和預印本評審的速度,”他說。
然而,一些群體遺傳學家仍然認為,那些釋出到 arXiv 的人是在冒險。例如,華盛頓特區美國生態學會出版的一些生物學期刊明確禁止在可引用的公共檔案中預先發表。並且還存在關於確定誰是第一個發現者的擔憂。
但 Ginsparg 說,預印本更可能阻止科學家被搶先發表。在許多物理學領域,在 arXiv 上發表是宣告優先權的關鍵,期刊審稿人可以使用該伺服器來檢查發現是否被正確歸屬。伴隨所有 arXiv 論文的作者歷史也允許科學家仲裁關於優先權的爭議。自從 arXiv 成立以來的 21 年裡,Ginsparg 已經看到天體物理學家、計算機科學家和其他人從懷疑論者變成了擁護者。“一旦一個社群採用 arXiv,它似乎就永遠不會放棄它,”他說。