輪狀病毒曾經感染大多數兒童，直到2006年廣泛使用的口服疫苗問世。這種病毒會導致嚴重的腹瀉，從而導致危及生命的脫水，每年仍在全球範圍內造成超過45萬兒童死亡，主要集中在亞洲和非洲，因為疫苗並非總是有效。阿姆斯特丹大學的凡妮莎·哈里斯想找出為什麼這些地區的嬰兒有如此高的所謂無反應者比例。她推測，或許居住在兒童大腸中的微生物發揮了作用。
哈里斯和她的同事，包括南亞的合作者，研究了66名巴基斯坦嬰兒和66名匹配的荷蘭對照組受試者，他們都接種了口服輪狀病毒疫苗。荷蘭的大多數兒童產生了預期的免疫反應，但巴基斯坦只有10名兒童產生了同樣的反應。在接種疫苗前從每個嬰兒身上採集的糞便樣本的基因掃描顯示，反應者腸道內的微生物多樣性更高。他們還攜帶更多來自變形菌門的生物。
許多變形菌藉助尾狀鞭毛推進自身。這些尾部含有鞭毛蛋白，這是一種已知可以增強免疫細胞活性的蛋白質。埃默裡大學醫學院的免疫學家巴釐·普倫德蘭說，體內大量存在這種細菌可以作為天然免疫和疫苗增強劑。他沒有參與這項研究，該研究於3月份在科羅拉多州基斯頓研討會上展示。
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去年，普倫德蘭和他的同事證明了鞭毛細菌在流感疫苗成功中的作用。生活在無菌環境中、沒有腸道細菌的小鼠，以及接種了非鞭毛細菌的小鼠，在接種疫苗後未能產生抗體，導致疫苗失效。然而，正常小鼠和僅接種了鞭毛細菌的小鼠則啟動了典型的強烈免疫活動。該團隊進行的一項小型後續人體研究可能很快會揭示，對於接受過三種不同廣譜抗生素治療的人來說，是否會出現相同的模式。
其他微生物因素也可能在起作用。2014年發表在《兒科學》雜誌上的研究表明，孟加拉國嬰兒腸道細菌的不同組成與對破傷風、結核病和口服脊髓灰質炎疫苗的反應相關。總而言之，這些研究表明，我們身體的本土細菌可能有助於決定我們對疫苗的個體免疫反應。這些發現最終是否會促成微生物組篩查或專門配製的益生菌補充劑，以便在接種疫苗前服用，仍有待觀察。
儘管如此，更全面地瞭解居住在我們體內的所有微小生物，可能有助於科學家們在提高疫苗效力方面取得重大進展。而這些小小的進步可能會挽救成千上萬的生命。