自閉症主要是一種大腦疾病，但研究表明，高達十分之九的自閉症患者也患有胃腸道問題，如炎症性腸病和“腸漏”。後一種情況發生在腸道變得過度通透，內容物洩漏到血液中時。科學家們長期以來一直想知道，腸道中細菌的組成，即腸道微生物群，在自閉症患者中是否異常，並驅動了其中一些症狀。現在，一系列新的研究支援了這一觀點，並表明恢復適當的微生物平衡可能緩解該疾病的一些行為症狀。
在五月份于波士頓舉行的美國微生物學會年會上，亞利桑那州立大學的研究人員報告了一項實驗的結果，他們在實驗中測量了自閉症兒童糞便中各種微生物副產物的水平，並將其與健康兒童的水平進行了比較。他們發現，這兩組之間50種這些物質的水平存在顯著差異。在2013年發表在PLOS ONE上的一項研究中，義大利研究人員報告說，與健康兒童相比，自閉症兒童的幾種腸道細菌物種水平發生了改變，包括雙歧桿菌（已知可促進腸道健康的細菌群）較少。
一個懸而未決的問題是，這些微生物差異是驅動該疾病發展的原因，還是其後果。2013年12月發表在Cell雜誌上的一項研究支援了前一種觀點。加州理工學院的研究人員使用一種已建立的範例（包括在懷孕期間用類似病毒的分子感染小鼠的母親）誘發小鼠的自閉症樣症狀時，他們發現，出生後，與健康小鼠相比，這些小鼠的腸道細菌發生了改變。透過用一種名為脆弱擬桿菌的促進健康的細菌治療患病齧齒動物，研究人員能夠減輕它們的一些（但不是全部）行為症狀。接受治療的小鼠焦慮和刻板行為減少，並且在聲音上更具交流性。
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研究人員尚不清楚腸道細菌究竟可能如何影響行為，但一種假設是，腸漏可能使物質進入血液並損害大腦。加州理工學院的微生物學家、該研究的共同作者伊萊恩·Y·蕭說，在小鼠研究中，益生菌可能有助於重塑微生物生態系統，並使腸道更強健，防止此類物質洩漏。
那麼，有一天自閉症可以透過旨在恢復健康微生物平衡的藥物來治療嗎？也許可以，但南澳大利亞大學的自閉症研究員曼雅·安格利解釋說，自閉症是“遺傳和環境因素複雜相互作用”的結果，因此解決方案可能沒有那麼簡單。小鼠研究的共同作者、加州理工學院的生物學家薩爾基斯·K·馬茲馬尼安對此表示贊同。“在我們確信腸道細菌會影響自閉症以及益生菌是否是一種可行的治療方法之前，還需要多年的工作，”他說。