幾個世紀以來，透過羽毛和其他解剖特徵對鳥類進行分類為科學家提供了很好的幫助，但基因分析揭示了關於鳥類親緣關係的詳細世界。一個國際研究小組最近基於 48 個物種的完整基因組開發了一棵樹，代表了每個主要的鳥類譜系——這是迄今為止對生命之樹大型分支最全面的基因研究。這項大規模工作有 200 多名合作者參與，包括對牙齒的出現和消失、鳴禽學習的起源以及鳥類多樣性爆發的時間的研究。
新的樹狀圖證實了許多過去的觀察結果，例如核心陸鳥的共同祖先。它還解決了一些有爭議的聯絡。例如，誰能猜到鴿子和火烈鳥是近親呢？
圖片來源：Jen Christiansen；資料來源：Erich D. Jarvis 等人在《科學》雜誌，第 346 卷，2014 年 12 月 12 日發表的“全基因組分析解析了現代鳥類生命之樹的早期分支”（左側樹狀圖）；Bradley C. Livezey 和 Richard L. Zusi 在《林奈學會動物學雜誌》第 149 卷第 1 期，2007 年 1 月發表的“基於比較解剖學的現代鳥類（獸腳亞目，鳥綱：今鳥亞綱）的較高級別系統發育”，第二部分（右側樹狀圖）Bradley C. Livezey 和 Richard L. Zusi 在《林奈學會動物學雜誌》第 149 卷第 1 期，2007 年 1 月發表的“分析與討論”（右側樹狀圖）
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除了 48 個鳥類基因組外，研究人員還對三個鱷魚基因組進行了測序，以確定早期後代關係。
企鵝、鵜鶘和朱鷺與火烈鳥和鸊鷉（以及鴿子）的分離意味著水鳥的特徵獨立進化了多次。
由於陸鳥和水鳥的進化速度都很快，資料表明最初的祖先可能是生活在海岸線附近的鳥類。
雞與第一隻鳥類祖先共享最多的 DNA，其次是麝雉和鴯鶓。