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印度尼西亞的保護計劃看起來計劃周全，但隨後發生了政治動盪。現在科學家預測，印度尼西亞的低地森林可能很快就會完全消失。二十年前，印度尼西亞政府認真審視了該國的森林，森林佔其陸地面積的 70% 以上。他們根據可持續森林管理原則，將不同區域劃定為保護區、集水區保護區和生產區。但根據《科學》雜誌上新發表的一篇評論文章，這些理想與今天的現實相去甚遠。“如果當前的資源無政府狀態持續下去，”一個國際科學家團隊寫道，“巽他陸架的低地森林，地球上最豐富的森林，將在 2005 年在蘇門答臘島和 2010 年在加里曼丹島被徹底摧毀。”
研究人員——牛津大學的保羅·傑普森、常駐印度尼西亞的詹姆斯·K·賈維、世界銀行的凱西·麥金農和印度尼西亞萊user管理部門的凱瑟琳·A·蒙克——引用了幾個案例研究，以及印度尼西亞自然保護局的一份報告，並得出結論，由伐木團伙進行的大規模非法伐木活動，通常與當地社群勾結，是罪魁禍首。他們還發現，不具備進行可持續森林管理能力的地區政府，無法執行國家政府最初設定的目標。除此之外，當地警察沒有能力打擊非法伐木，自然保護局的報告表明，可能有必要動用軍隊來保護國家公園。
低地森林是幾種大型哺乳動物的家園，如蘇門答臘犀牛、蘇門答臘虎和亞洲象。森林破壞可能會威脅到它們的生存。作者指出，需要立即採取行動，但也承認這個問題沒有簡單的解決方案。“從以公司為基礎的大規模開發轉向低影響的合資企業，將需要徹底反思森林的盈利能力和受益者，”他們寫道。