針對常見食源性病原體（如沙門氏菌、彎曲桿菌和大腸桿菌）的新型診斷測試可能會阻礙公共衛生官員檢測多州爆發疫情的能力。問題在於無法追蹤汙染源。
2009年，科羅拉多州公共衛生與環境部的流行病學家艾麗西亞·克朗奎斯特注意到，她所在州的幾家鄉村診所已從依賴培養基生長的傳統實驗室測試轉向快速非培養測試。過去，當患者疑似患有某些食源性疾病時，醫生通常會將糞便樣本送到實驗室，實驗室會檢測一系列潛在的細菌病原體。（某些食源性感染，如李斯特菌，透過血液測試診斷。）然後，會將分離物或致病細菌菌落的樣本轉發給地方、州或聯邦官員，他們會對DNA進行測試以確定該生物體的特定菌株。具有指示性的DNA序列或“指紋”會被輸入到PulseNet系統中，以便公共衛生官員可以檢視來自其他新診斷患者的樣本是否與資料庫中的資訊匹配。分析人們感染該特定菌株的時間和地點可以幫助找到汙染源，從而使調查人員能夠補救情況。
但是，克朗奎斯特說，在一年多的時間裡，當地實驗室進行的測試型別發生了明顯轉變，導致與她所在部門共享的資訊大大減少。“我們看到我們的監測資料發生了變化，到2010年，近15%的病例報告使用了非培養測試，”她說。
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新測試確實有很多優點。它們為醫生和患者提供更快速的結果。它們通常更便宜，並且在某些情況下，可能根本不需要糞便樣本。更重要的是，其中一些測試可以發現培養基測試無法發現的病原體，並診斷出更多感染。
例如，田納西州州流行病學家蒂莫西·F·瓊斯指出，大腸桿菌的培養測試會尋找O157菌株，該菌株是產生志賀毒素的細菌之一；該菌株臭名昭著地導致了今年菠菜食物中毒的爆發。“使用新的快速測試，”他說，“我們實際上可以檢測到整個類別的產志賀毒素細菌。快速測試正在檢測我們以前會遺漏的其他細菌。”
但是，新測試的採用意味著像克朗奎斯特這樣的衛生官員並非總是能獲得進行DNA指紋識別所需的分離物，而DNA指紋識別對於幫助識別汙染源（例如生菜中的大腸桿菌或生菠菜中的沙門氏菌）至關重要。
瓊斯說，從這個意義上講，“這些快速測試使我們回到了我們沒有能力進行[DNA]指紋識別的時候。”
這種趨勢尤其令人擔憂，因為其他保護公眾免受食源性疾病侵害的方法也遇到了阻礙。根據疾病控制和預防中心的資料，每年有六分之一的美國人（或4800萬人）因食源性疾病而生病，3000人死亡。美國公共利益研究集團上個月底釋出的一項研究表明，問題並未改善，部分原因是像《食品現代化安全法案》這樣的法律繼續在白宮管理和預算辦公室停滯不前。一項聯邦監測計劃——美國農業部的微生物資料計劃，該計劃對農產品進行病原體檢測——於11月12日開始關閉。
Quest Diagnostics公司傳染病醫療主任傑伊·M·利伯曼表示，新測試的廣泛採用意味著公共衛生官員將需要想出新的方法來監測和應對新的疫情。Quest Diagnostics為美國大約一半的醫生和醫院提供服務。例如，衛生官員將需要與實驗室合作，找出如何獲得分離物或找到另一種方法來表徵病原體。
“透過連線病例，我們可以發現我們可能沒有發現的食品供應問題，”CDC腸道疾病實驗室分支副主任約翰·貝瑟說。“我們面臨的挑戰是開發一種測試，該測試將提供我們需要的所有資訊，而無需進行分離物步驟。這是一個重大的挑戰，但我們都相信這是可行的。”
目前，沒有人致力於開發可以幫助公共衛生官員追蹤疫情的測試，儘管包括雅培實驗室、BD、Cepheid和Luminex在內的多家公司繼續開發新的非培養測試。貝瑟說，他預計實驗室會在這些測試上市後迅速採用它們。對於實驗室而言，新測試意味著更快、更便宜的結果，並且需要更少訓練有素的員工。
儘管追蹤與食源性疾病相關的病原體的問題是新的，但在開發用於檢測性傳播疾病淋病的非培養測試時，也提出了類似的擔憂。
Quest公司的利伯曼解釋說：“就淋病而言，現在幾乎所有測試都透過非培養技術完成。”為了應對這種鉅變，CDC設立了一個監測專案，使其能夠以新的方式監測趨勢。在美國28個城市的指定實驗室中，每月從前25名被發現患有尿道淋病的男性採集的樣本中進行培養並提取分離物。憑藉這一有限的資料集，公共衛生官員仍然可以跟蹤疫情，同時允許更廣泛地使用新的非培養測試。
儘管該程式在淋病方面運作良好，但它是否也適用於食源性疾病仍是一個懸而未決的問題。
CDC的貝瑟說，這一切的諷刺之處在於，用於食源性病原體的新測試可能比舊測試更好，但如果它們擾亂了公共衛生系統，它們“可能會導致更多人生病。這是意想不到的後果。”