歷史通常不被認為是科學，但如果它使用比較方法，就可以成為科學。 加州大學洛杉磯分校地理學教授賈雷德·戴蒙德和哈佛大學政府學教授詹姆斯·A·羅賓遜在新書《歷史的自然實驗》（哈佛大學出版社，2010年）中有效地運用了這種方法。例如，在一項及時研究中，戴蒙德將海地與多明尼加共和國進行了比較，結果表明，儘管兩國都位於同一個島嶼伊斯帕尼奧拉島上，但由於地緣政治差異，一個最終變得赤貧，而另一個則蓬勃發展。
克里斯托弗·哥倫布的兄弟巴託洛梅奧於1496年為西班牙殖民了伊斯帕尼奧拉島，並在島嶼東側的聖多明各建立了首都。兩個世紀後，在法國和西班牙之間的緊張關係中，1697年的《里斯維克條約》將該島西部一半的統治權授予法國。由於當時的法國比西班牙更富有，奴隸制是其經濟不可或缺的一部分，因此法國將伊斯帕尼奧拉島西部變成了奴隸貿易中心，人口差異驚人：該島西部約有50萬奴隸，而東部只有1.5萬至3萬奴隸。
人口壓力的這種差異，加上法國渴望從海地進口更多木材，放大了地理因素的影響。伊斯帕尼奧拉島的天氣鋒面來自東方，並在該島的多明尼加一側降雨，使海地一側自然更乾燥，農業生產力所需的肥沃土壤也更少。海地對農田和木材的需求迅速砍伐了島嶼一側本已稀疏的樹木，造成了災難性的後果：土壤侵蝕、建築木材和木炭燃料的損失、河流中更重的泥沙負荷以及減少水力發電潛力的流域保護減少。海地環境退化的這種負反饋迴圈使其陷入了骯髒的境地。
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當海地人和多明尼加人在19世紀都獲得獨立時，我們看到了其他比較差異。海地奴隸起義是暴力的，拿破崙為恢復秩序而進行的嚴厲干預導致海地人不信任歐洲人，並避開未來的貿易和投資、進出口、移民和遷出。海地奴隸還發展了他們自己的克里奧爾語，世界上沒有人說這種語言，這進一步孤立了海地與文化和經濟交流。總的來說，這些障礙意味著海地沒有從通常積累資本、財富和富裕的因素中受益，而這些因素本可能在獨立後帶來繁榮。相比之下，多明尼加的獨立相對是非暴力的；該國在獨立和西班牙控制之間來回穿梭了幾十年，西班牙在1865年決定不再想要這片領土。在整個這段時期，多明尼加人說西班牙語，發展出口，與歐洲國家進行貿易，並吸引了歐洲投資者，以及德國人、義大利人、黎巴嫩人和奧地利人等多元移民人口，他們幫助建立了充滿活力的經濟。
最後，即使當兩國在20世紀中期都屈服於邪惡獨裁者的權力時，拉斐爾·特魯希略對多明尼加共和國的控制也帶來了相當大的經濟增長，因為他渴望個人致富，但他的政策導致了強大的出口產業，並進口了科學家和林務員來幫助保護森林，以供他從木材中牟取暴利。與此同時，海地獨裁者弗朗索瓦·“爸爸醫生”·杜瓦利埃沒有做任何這些事情，反而進一步孤立了海地人與世界其他地方的聯絡。
戴蒙德承認，這個島嶼的漫長曆史中涉及許多其他因素，但他寫道，比較方法包括比較——最好是定量地，並在統計分析的幫助下——在許多方面相似但在人們希望研究其影響的因素方面不同的不同系統。
所有科學的核心是隔離少數幾個強大的因素，這些因素解釋了所測量事物的大部分差異。將比較方法與這種歷史的自然實驗結合使用，與社會學家和經濟學家在比較當今社會的自然實驗時所做的事情沒有什麼不同。因此，現在是科學家尊重歷史作為一門科學，歷史學家透過比較方法和其他技術檢驗其歷史假設的時候了。
所有科學的核心是隔離少數幾個強大的因素，這些因素解釋了所測量事物的大部分差異。將比較方法與這種歷史的自然實驗結合使用，與社會學家和經濟學家在比較當今社會的自然實驗時所做的事情沒有什麼不同。因此，現在是科學家尊重歷史作為一門科學，歷史學家透過比較方法和其他技術檢驗其歷史假設的時候了。