2001年8月，當布什總統禁止使用聯邦資金建立新的胚胎幹細胞系時，他承諾可以使用60多個胚胎幹細胞製劑來開發潛在的疾病治療方法，以此來緩解對生物醫學研究的打擊。然而，隨著這些細胞的問題越來越多，迫使美國食品藥品監督管理局（FDA）考慮使用它們的材料是否對人體安全。
在2001年8月之前建立的被批准的胚胎幹細胞系中，只有22個存活下來並仍然可供研究人員使用，儘管考慮到它們的年齡增長，其質量受到了質疑。這些細胞系本應是“不朽的”，但長期培養已知會導致其他細胞發生畸形，因此當國家衛生研究院登記的某些細胞系出現重大基因異常的報告時，科學家們並沒有感到完全驚訝。其他登記的細胞系似乎只是失去了產生分化細胞型別的能力，或者只是緩慢地產生分化細胞。
自從美國政策生效以來，處理幹細胞的方法已經有了很大的改進，研究人員認為，更新鮮的細胞系可以保持更健康的狀態。特別是，今年推出的兩種新型培養基消除了在小鼠“飼養”細胞床上培養胚胎幹細胞的需求，而這種做法過去在所有政府批准的細胞系中都使用過。最近的一項研究證實，人們擔心登記的細胞可能被小鼠分子汙染，該研究表明，以這種方式培養的人類胚胎幹細胞會吸收一種小鼠蛋白質並將其攜帶在表面。當暴露於人類血清時，帶有這種蛋白質的胚胎幹細胞會遭到針對該動物蛋白質的抗體的攻擊並被殺死。
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儘管如此，總部位於加利福尼亞的Geron公司擁有九個政府批准的細胞系的權利，該公司表示將在2006年初向FDA申請批准，開始對人類進行脊髓修復的細胞試驗。Geron公司總裁托馬斯·奧卡瑪（Thomas Okarma）確信，該公司的細胞在經過他所謂的“詳盡的”“黃金標準”測試後是乾淨的。美國沒有其他公司宣佈正式申請在人體上試驗胚胎幹細胞衍生物，但據報道，明尼蘇達大學幹細胞研究所主任約翰·瓦格納（John Wagner）去年告訴州議員，他的小組已經尋求FDA批准進行此類試驗。瓦格納拒絕透露更多細節。
美國食品藥品監督管理局（FDA）也不會評論它收到了多少關於胚胎幹細胞衍生物試驗的申請，或者何時會做出裁決。動物汙染的可能性並不自動排除在人體中使用登記細胞的可能性——豬心臟瓣膜的異種移植，甚至狒狒到人類的骨髓移植過去都獲得了FDA的批准。一位發言人提供的唯一評論是，該機構的決定將基於擬議試驗的科學合理性，而不是政治因素。