西格蒙德·弗洛伊德關於夢的意義的觀點構成了他心理功能理論的核心。馬克·索爾姆斯和其他人聲稱，現代科學現在正在驗證弗洛伊德的心靈概念。但類似的科學調查表明，弗洛伊德思想的許多重要方面可能是錯誤的。
對於弗洛伊德來說，夢的離奇性質源於心靈的精心努力，透過象徵性的偽裝和審查，來掩蓋從無意識中湧出的不可接受的本能願望，當自我放鬆其對睡眠中本我的禁止時。但是，大多數神經生物學證據支援另一種觀點，即夢的離奇性源於大腦狀態的正常變化。腦幹中的化學機制，會改變大腦皮層各個區域的啟用，從而產生這些變化。許多研究表明，化學變化決定了夢境視覺、情感和思想的質量和數量。弗洛伊德的偽裝和審查概念必須被拋棄；沒有人相信自我-本我鬥爭（如果它存在的話）控制著大腦化學。大多數精神分析學家不再認為偽裝-審查理論是有效的。
如果沒有偽裝和審查，弗洛伊德的夢理論還剩下什麼？不多——只有本能的衝動可能促使夢的形成。證據確實表明，啟用產生焦慮、憤怒和欣快感的大腦邊緣系統的部分會影響夢的形成。但這些影響不是“願望”。夢的分析表明，夢中的情緒消極的頻率與積極的頻率一樣高，這意味著我們對自己一半的“願望”是消極的。而且，正如所有做夢者都知道的那樣，夢中的情緒幾乎沒有被掩飾。它們清晰地進入夢境情節，經常帶來不愉快的後果，例如噩夢。弗洛伊德始終無法解釋為什麼如此多的夢境情緒是消極的。
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弗洛伊德模型的另一個支柱是，由於夢的真實含義是隱藏的，因此它們反映的情感只能透過他漫無目的的自由聯想方法來揭示，在這種方法中，受試者關聯任何和所有想到的事物，希望偶然發現關鍵的聯絡。但是這種努力是不必要的，因為根本沒有發生這種隱藏。在夢中，你所見即所得。夢的內容在表面上是情感上顯著的，做夢者及其治療師的密切關注足以看到它們代表的感覺。
索爾姆斯和其他弗洛伊德主義者暗示，將夢歸因於大腦化學反應等同於說夢沒有情感資訊。但這兩句話並不等同。哈佛醫學院的羅伯特·W·麥卡利和我於 1977 年提出的夢的化學啟用-合成理論僅認為，精神分析對夢的離奇性作為隱藏含義的解釋是錯誤的。我們一直認為夢在情感上是顯著且有意義的。那麼 REM 睡眠呢？新的研究表明，夢可能發生在非 REM 睡眠期間，但化學啟用模型中沒有任何內容排除這種情況；只是在 REM 睡眠期間，夢的頻率呈指數級增長。
精神分析學正面臨大麻煩，任何數量的神經生物學修補都無法解決它。如此徹底的改革是必要的，以至於許多神經科學家寧願重新開始，建立一個心靈的神經認知模型。精神分析理論確實是全面的，但如果它錯得離譜，那麼它的全面性就很難說是一種優點。與精神分析學提供的模型相比，持有這種觀點的科學家們更支援基於生物學的夢、精神疾病和正常意識體驗模型。