哪裡有咖啡，哪裡就有“咖啡鏽病”。但種植者與這種破壞性疾病背後的真菌之間的長期僵局已被打破——真菌佔據了優勢。由於有史以來最嚴重的疫情之一正在中美洲肆虐，研究人員正在尋求最新的工具來對抗這種害蟲，從對其基因組進行測序到將咖啡植物與抗病品種進行雜交。
咖啡鏽病由真菌Hemileia vastatrix引起，通常不會殺死植物，但哥斯大黎加咖啡研究所估計，最新的疫情可能會使該國受災最嚴重地區2013-14年度的收成減半。密歇根大學安娜堡分校的生態學家約翰·範德米爾說，這次疫情是“自40多年前鏽病抵達該地區以來，我們在中美洲和墨西哥見過的最嚴重的一次”，他收到了“尼加拉瓜、薩爾瓦多和墨西哥的災難性報告”。
範德米爾在他的墨西哥研究地塊中說，情況非常糟糕，樹葉正在直接從植物上掉落。超過 60% 的樹木至少有 80% 的落葉，30% 的樹木完全沒有葉子。
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1月22日，哥斯大黎加頒佈了緊急立法，以加快政府資金流向抗擊真菌的速度。其他國家也在加大力度抗擊。據報道，上週，尼加拉瓜政府宣佈將把咖啡鏽病列入旨在保障該國農業的特殊研究專案清單。
這種真菌最早於1869年在錫蘭（現在的斯里蘭卡）成為一個重大問題，之後蔓延到世界各地。加拿大圭爾夫大學研究鏽病的歷史學家斯圖爾特·麥庫克說，錫蘭某些地區潮溼的天氣非常適合真菌的傳播，超過 90% 的咖啡作物在這些地區被摧毀。面對經濟災難，該國放棄了咖啡，轉而種植今天與之相關的茶葉。這種疾病是如此普遍，以至於“它不會被根除；或者在實踐中根除該疾病的唯一方法是根除所有咖啡”，麥庫克說。
哥斯大黎加熱帶農業研究和高等教育中心（位於聖何塞）的植物病理學家雅克·阿韋利諾說，到 1970 年，巴西已檢測到這種真菌，並且在 1980 年的哥斯大黎加和 1995 年的尼加拉瓜出現了嚴重的疫情。
但是，管理實踐的改變已使該疾病基本上得到控制。“該地區的大多數咖啡種植者和咖啡研究所都認為咖啡鏽病是一個已解決的問題”，阿韋利諾說。“人們不再害怕這種疾病。”疫情爆發可能是由於殺菌劑的使用不均衡和效果不佳造成的。
在非洲，非營利性發展組織 CABI 在內羅畢工作的植物病理學家諾亞·菲裡說，鏽病造成的麻煩越來越大，儘管在肯亞，抗鏽病品種已將其控制在一定範圍內。
哥倫比亞可能是最接近解決方案的國家。欽奇納國家咖啡研究中心 Cenicafé 的研究員馬可·奧雷利奧·克里斯坦喬說，政府已支援透過雜交培育抗病咖啡品種的研究。克里斯坦喬說，抗病品種的引入，加上改進的天氣監測以幫助預測鏽病爆發，意味著現在只有不到 10% 的植物需要用殺菌劑處理，而四年前這一比例為 60%。政府還支援對真菌和植物的遺傳學進行研究。
其他國家也啟動了研究計劃。在巴西里約熱內盧聯邦農村大學，瓦爾迪爾·迪奧拉正在努力分離咖啡中的抗性基因，並尋找區分病原體不同菌株的分子標記，這些標記可用於制定有針對性的控制策略。在英國，哈里·埃文斯正在 CABI 在埃格姆研究H. vastatrix的基因組。在內羅畢，菲里正在利用政府間機構商品共同基金以及肯亞、印度、盧安達、烏干達和辛巴威的資金，篩選抗病咖啡植物並分析病原體的品種。
菲裡說：“科學家需要不斷開發抗病品種，以控制咖啡葉鏽病。” “咖啡種植國的政府需要將咖啡研究作為優先事項，並提供必要的資源。”
克里斯坦喬說，其他國家需要採取類似於哥倫比亞的綜合方法。“不幸的是，世界其他地區沒有效仿這種努力，而這些地區需要為當地的流行病提供解決方案，”他說。