由 50 多位科學家組成的團隊建立了一個網站,以幫助生物學家避免使用劣質化學試劑,這些試劑會破壞分子生物學和藥物發現領域的實驗。
“糟糕的試劑產生糟糕的科學。它們浪費金錢,浪費職業生涯,”生物化學家 Aled Edwards 說,他是結構基因組學聯盟的負責人,這是一個研究對藥物發現工作至關重要的蛋白質的公私合作機構。儘管文獻中充斥著關於個別化學工具缺陷的報告,但科學家們仍在繼續使用它們,他說。“目前做事的方式無法解決這個問題。我們在如何交流有關分子資訊方面存在系統性失敗。”
化學探針門戶,Edwards 和數十位合著者在 7 月 21 日發表在《自然化學生物學》上的一篇評論文章中描述了這個入口網站,旨在建立一個社群工具來改善這種情況。
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化學探針是旨在與特定蛋白質結合並破壞其功能的小分子。對於試圖找出特定蛋白質在細胞中作用的生物學家,或者對於評估干擾某種功能是否可以構成治療基礎的藥物發現者來說,它們是有價值的工具。但探針經常干擾非目標蛋白質,並且它們的可靠性可能因細胞型別和物種而異。這可能會導致依賴此類探針的科學家得出並發表不必要的結論。
重大失敗
Edwards 說,不可靠的探針導致了數千篇結果無法解釋的論文,以及一項針對乳腺癌的臨床試驗失敗,該試驗涉及 2009-11 年的 500 多人。例如,一種最初被描述為抑制一種稱為 PI3 激酶的特定蛋白質的探針,在十多年前就被描述為對許多其他蛋白質具有有效作用。存在更好的 PI3 探針,但幾乎所有化學供應商都宣傳最初的探針用於對抗 PI3,自 2014 年以來,已發表一千多篇關於過時探針與 PI3 一起使用的論文。
新的入口網站將推薦用於特定蛋白質的探針,並指定使用試劑的推薦實驗系統和濃度。“我們的貢獻將是篩選出穀殼,並說‘這是小麥’,”Edwards 說。
“我確實認為資料庫將是一個有用的工具,”田納西州孟菲斯聖裘德兒童研究醫院的化學生物學家 Kip Guy 說。他說,在科學文獻中找到合適的資訊非常繁瑣。他預計該入口網站將用於設計自己的實驗,以及在審查資助和科學論文時使用。
北卡羅來納大學教堂山分校的化學生物學家 William Zuercher 指出,目前該入口網站僅填充了七個探針的條目,他也是該評論文章的合著者。該入口網站獲得了倫敦生物醫學慈善機構惠康信託基金會提供的 50,000 英鎊(78,000 美元)種子資金,一小部分合著者已承諾策劃和輸入有關探針的資料。該團隊希望在未來幾周內聘請某人來領導該專案。Zuercher 說,該入口網站的成功將取決於專家們將他們對無結論性工作的不滿轉化為行動。“為了使資源可持續,我們需要社群的投入。”
本文經許可轉載,並於 2015 年 7 月 21 日首次發表。