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如果詢問普通的美國人關於衣原體，您可能會引起他們不安的畏縮。大多數人立即想到世界上最常見的性傳播疾病（STD）之一。但實際上，這個術語指的是整個屬的微小細菌，這些細菌可以引發各種嚴重的疾病。如果詢問非洲一位貧困的母親關於衣原體，她可能會告訴您，蒼蠅傳播的這種感染使她的兩個年幼的孩子患上了稱為結膜炎的痛苦眼病。這種疾病——由一種沙眼衣原體菌株（也是導致性病的物種）引起——可能導致沙眼，一種潛在的致盲疾病。在工業化國家，一種空氣傳播的物種，肺炎衣原體，會導致感冒、支氣管炎以及大約10%在醫院外感染的肺炎。研究人員甚至在肺炎衣原體和動脈粥樣硬化（導致心臟病發作和中風的動脈狹窄疾病）之間建立了初步聯絡。
由於衣原體是細菌，抗生素可以阻止它們產生的感染。不幸的是，由於各種原因，這些疾病通常未被發現和治療。生殖器感染早期很少產生症狀。在沙眼令人擔憂的發展中國家，人們常常缺乏獲得充分治療和衛生的途徑。因此，估計有6億人感染了一種或多種衣原體菌株，他們將在沒有醫療護理的情況下度過，直到後果變得不可逆轉。期望醫生能夠識別出所有患有性病的人，或者改進的衛生條件能夠很快消滅發展中國家中引起沙眼的細菌，這都是不現實的。由於這些原因，遏制這些疾病傳播的最佳希望是開發有效的疫苗或其他預防性治療方法。為了發現能夠在感染開始前阻止感染的藥物，科學家需要更多地瞭解衣原體如何在分子水平上覆制、引發疾病和發揮作用。但是，這些資訊一直難以獲得。這些細菌很狡猾。它們不僅具有多種逃避免疫系統的方法，而且在實驗室中也出了名的難以研究。然而，在過去五年中，包括幾種衣原體菌株的基因組的完整測序在內的新研究，已幫助科學家開始解決這些障礙。由此產生的發現正在重燃開發新預防策略的希望。