在20世紀末，分類學走到了十字路口。資金不斷減少，學術興趣日益衰退，即便生物學家和自然資源保護主義者競相識別和量化物種。“在我長期參與熱帶地區工作的過程中，我一直面臨著所有生物學家都感受到的挫敗感，即對周圍的生命系統一無所知，”進化生物學家保羅·D·N·赫伯特解釋道，他擔任加拿大分子生物多樣性研究主席。因此，在2003年，赫伯特提出了一種新的識別系統，繞過了繁瑣的分類學工作：根據線粒體基因的一個片段“標記”物種。這些所謂的DNA條形碼立即贏得了公眾的青睞，預示著研究人員可以在野外進行簡單的DNA測試的一天，甚至可以使用類似《星際迷航》中的“三錄儀”裝置。但自其出現以來，許多分類學家一直譴責這種捷徑，聲稱它將破壞為確保識別的精確性和準確性而專門開發的複雜系統。
赫伯特的方案側重於細胞色素c氧化酶I（COI）基因的一個序列片段，他聲稱該片段是不同分類群所獨有的。他和他的同事去年證明了原理的正確性，當時DNA條形碼正確預測了先前無法區分的鳥類和蝴蝶群中的獨立物種。在倫敦舉行的二月份會議上，生命條形碼聯盟宣佈計劃在未來五年內對所有鳥類和魚類進行條形碼編碼，並識別哥斯大黎加的所有開花植物。這些舉措是朝著他們更宏偉的目標邁進的墊腳石：為每個生物體建立基因標籤，並編纂地球生物多樣性目錄（世界上只有約十分之一的物種被正式知曉）。
但是，正如倫敦自然歷史博物館的昆蟲學家昆廷·D·惠勒警告的那樣，條形碼編碼“可以用於善，也可以用於惡”。標準化的物種標記令人興奮，只要它與正式的描述和分類相符。對於惠勒和其他批評者來說，更令人擔憂的是條形碼編碼者更雄心勃勃的目標——向後應用COI系統來建立“臨時的”新物種定義——這可能會阻礙分類學的進展。
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反對者認為，問題在於過度簡化。“自然界是混亂的，”夏威夷大學馬諾阿分校的昆蟲學家丹尼爾·魯比諾夫指出。今天存在多種物種定義，因為沒有人知道什麼符合物種形成；分類學的“科學”本身就涉及分析數百個特徵來進行這些區分——這就是為什麼條形碼編碼者使用的一個特徵資料集“就像回到黑暗時代，”魯比諾夫說。加州大學伯克利分校的生物學家布倫特·D·米什勒對此表示贊同，稱用於物種鑑定的條形碼編碼“極其錯誤，並且破壞了系統學的結構”，系統學目前依賴於廣泛的形態學、生態學和遺傳資料，以便在進化背景下構建物種。
批評者還對條形碼編碼的準確性提出了質疑。赫伯特將錯誤率定為2%，這足以驗證該方法在動物中的應用。但到目前為止，只出現了一些原理驗證，而且測試都很容易。“近緣姐妹種通常是最需要正確識別的，”阿爾伯塔大學的生物學家費利克斯·斯珀林說。而這些正是科學家們可能最難透過COI解決的問題。最近分裂的分類群或雜交的情況，即獨立物種產生了後代，構成了特殊的挑戰，因為序列可能尚未進化到反映這些事件。
赫伯特認為，該系統的目的是透過“將生命堆成堆”來補充當前的分類學，以便以後進行修訂。但由於價格標籤在10億美元到20億美元之間，批評者擔心這項計劃只會轉移資金，並將“真正的”分類學留給收拾殘局。“在網路基礎設施、數字工具和IT時代，”惠勒和其他人在即將發表在系統生物學雜誌上的一篇論文中寫道，“大多數阻礙分類學的障礙已經消失。[但是]現在……它有被像垃圾一樣扔掉，只為了最新的花招的危險。” [break]
專家們還指出，條形碼無法與另一項主要的系統學事業——生命之樹整合，生命之樹是一個經過同行評審的進化樹，連線了所有已知的系統發育關係。（條形碼提供的證據太少，無法證明其在生命之樹上的正式物種指定是合理的。）充其量，赫伯特的資料庫將與生命之樹並存，疊加未經檢驗的“葉子”。赫伯特聲稱，儘管存在障礙，“我們最終正在利用自動化、數字化的資訊流”，但其他人指出，一刀切的程式碼似乎忽略了物種的本質含義：進化之手不斷變化終點。