1896年，考古學家在挖掘新墨西哥州西北部查科峽谷的普韋布洛·博尼託（一個擁有650個房間的多層磚砌建築）時，在一個墓穴中發現了14個人的遺骸。項鍊、手鐲和其他由數千顆綠松石和貝殼珠製成的珠寶與這些骨頭一同埋葬。這些文物表明這些人是古代查科社會的精英成員，查科社會是美國西南部最重要的文明之一。
在普韋布洛·博尼託的挖掘揭示了查科文化的輝煌，該文化在公元800年至1250年左右蓬勃發展。古代查科人在其鼎盛時期在查科峽谷建造了至少十幾個像普韋布洛·博尼託這樣的偉大宅邸，並且在今天的新墨西哥州、科羅拉多州、亞利桑那州和猶他州交界的四角地區，還繁榮發展了數十個其他的查科人定居點。挖掘工作結束後不久，考古學家將這些人類遺骸運到了紐約市的美國自然歷史博物館（AMNH），自那以後，其中大部分一直存放在那裡。
研究人員經常會把頭骨從博物館五樓的紙板儲物箱裡取出，並將其他骨頭從附近走廊的木製抽屜裡拿出，將它們放在長桌上進行研究。他們想知道這些人彼此之間是什麼關係，以及這個精英群體可能說明查科社會是如何組織的。但他們只獲得了一些有限的線索。
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多年來，在查科進行的持續挖掘表明，大多數人居住在圍繞著偉大宅邸的較小的土坯住宅中，這使得大多數考古學家得出結論，查科社會是等級森嚴的：精英群體統治著文化、宗教和政治生活，並享有特殊的特權。現在，對來自普韋布洛·博尼託遺骸的DNA進行的分析正在提供關於這些精英群體以及他們屬於誰的新的詳細資訊。在本週在自然通訊上線上發表的論文中，研究人員報告說，這些遺骸屬於一個單一的母系血統——該團隊稱之為母系“王朝”——持續了幾個世紀。其他科學家稱讚這項研究是一項技術上的壯舉，有助於實現古代DNA揭示古代人民生活的承諾。但並非所有人都同意該團隊的結論，一些專家批評他們沒有在進行研究之前諮詢土著群體。
賓夕法尼亞州立大學的考古學家道格拉斯·肯尼特、弗吉尼亞大學的斯蒂芬·普洛格及其同事採用了多管齊下的方法來研究普韋布洛·博尼託的遺骸。他們首先從11個墓葬中獲得了直接的放射性碳年代測定資料，最早的年代在公元800年至850年之間，最晚的年代在1130年左右。這些年代確定這些墓葬跨越了大約330年的時間。
圖片來源：羅德里克·米肯斯和亞當·沃森
接下來，該團隊從遺骸中提取了所謂的線粒體DNA（mtDNA）。線粒體是微小的亞細胞體，充當活細胞的發電廠，其DNA僅透過母親遺傳。研究人員能夠對來自九個人的mtDNA進行平均98%的測序，這些人的年代跨越了整個330年的時間順序。值得注意的是，所有九個序列都是相同的，這意味著每一代人都來自同一個最初的母系祖先。
最後，為了理清特定的家庭關係，該團隊對六個墓葬的核DNA進行了測序，核DNA是從父母雙方遺傳的。這些序列表明，至少有兩對個體關係非常密切，可能代表著母女關係和祖母-孫子關係。
作者認為，這個精英群體，其權力和影響力從母親流向他們的孩子，在普韋布洛·博尼託建立之初的公元800年左右開始統治。普洛格說，該集團的影響力可能源於其對普韋布洛·博尼託的儀式習俗的控制，在墓穴中發現的雕刻木笛和儀式權杖等物品證明了這一點。
德國馬克斯·普朗克人類歷史科學研究所的古遺傳學家約翰內斯·克勞澤說，這項研究提供了“令人印象深刻的高解析度”的母系家庭關係。堪薩斯大學的人類學家詹妮弗·拉夫也同意這一點。“像這樣的古基因組學方法可以讓我們以前所未有的規模深入瞭解古代人民的生活。”他們都沒有參與這項研究。
該團隊對遺傳結果的解釋對許多外部研究人員來說是有道理的。“這表明，在普韋布洛·博尼託成立之時就存在世襲領導制”，而不是像一些早期研究表明的那樣後來逐漸發展起來的，特拉華大學的考古學家吉爾·內策爾說。“資料顯示了一群相關的女性和一些男性，可以說他們是普韋布洛·博尼託 300 多年來一直存在的領導者，”亞利桑那州圖森市的西南考古的考古學家保羅·裡德說。“這項研究提供了幾十年來關於查科的最重要的資訊，”俄克拉荷馬大學的人類學家保羅·明尼斯說。“雖然大多數學者都認為查科是集中組織的，但該組織的性質仍然令人難以理解。”
圖片來源：製圖專家
然而，明尼斯和其他人質疑該團隊稱這個精英群體為王朝是否正確，王朝這個詞通常指的是對廣大領土和人口行使獨裁統治的國王和王后。圖森市亞利桑那大學的人類學家芭芭拉·米爾斯說，普韋布洛·博尼託的群體“顯然是一個重要的群體”，“但它是唯一的群體嗎？”在她看來，這些發現並不能證明他們的權力和影響力超越了普韋布洛·博尼託本身，包括整個查科峽谷甚至更廣泛的“查科世界”。
儘管如此，作者認為他們的研究結果可能會解決另一個長期存在的問題。今天的普韋布洛人以相當可靠的考古依據聲稱自己是查科人的直系後裔；居住在查科峽谷所在土地上的納瓦霍人也這樣認為。在許多現代普韋布洛群體中，包括亞利桑那州的霍皮人和新墨西哥州的祖尼人，血統和繼承都是由一個人在母系氏族中的成員資格決定的。（在一些正統猶太人和一些保守派猶太人中也有類似的安排，他們的猶太人身份取決於是否有一個猶太母親。）他們是否從他們的古代查科祖先那裡繼承了這種安排？或者，正如亞利桑那州美洲印第安人基金會的考古學家約翰·韋爾所認為的那樣，查科社會的早期親屬關係是否讓位於基於共同儀式知識和實踐的所謂“兄弟會”的統治，例如祭司和兄弟會，在這種情況下，一些現代普韋布洛人可能獨立發展了他們的母系組織？肯尼特、普洛格及其同事認為，他們的發現支援了查科母系血統與當今許多普韋布洛群體的母系血統之間直接連續性的假設。
即使這項工作為現代土著群體與古代查科人之間的親緣關係提供了新的支援，研究人員的努力也使他們陷入了研究倫理的雷區。1990年，國會通過了《美國原住民墓地保護和歸還法案》（NAGPRA），該法案規定，在聯邦或部落土地上發現的人類遺骸和其他文物必須歸還給部落群體，前提是他們能夠成功地與這些遺骸和其他文物建立直接的文化關係。在一些案例中，例如關於來自華盛頓州的8500年前的肯納威克人的著名爭議，美洲原住民和研究人員在所有權問題上進行了激烈的鬥爭。
在查科遺骸的案例中，美國自然歷史博物館認為NAGPRA不適用，這意味著研究人員在對遺骸進行研究之前沒有法律義務獲得部落的批准。在論文的14位作者批准的一份宣告中，該團隊表示，在決定不諮詢部落時，他們依賴於美國自然歷史博物館的結論，即“該地區的文化複雜性使得不可能根據現有資料與特定的現代社群建立明確的祖先-後代關係。”美國自然歷史博物館在一份單獨的宣告中表示，“這項研究具有相當大的科學價值，對文物和人類遺骸的影響很小，”並補充說，它在20世紀90年代末聯絡了“可能有關聯的部落”，但“沒有人出來聲稱自己有關聯。”
圖片來源：羅德里克·米肯斯和亞當·沃森
但這一決定並沒有讓一些批評家感到滿意。“儘管作者的工作在技術上是合法的，但這裡的倫理是值得懷疑的，”紐約州賓厄姆頓大學的查科研究員露絲·範迪克說。“在沒有部落諮詢的情況下，不應該進行使用古代土著DNA的研究。”
亞利桑那大學一位專門研究部落法和美國印第安人法的美國原住民血統的法律教授麗貝卡·措西也同意這一觀點。“我對在進行和發表這項研究之前沒有努力與當代部落領導人接觸感到失望，”措西說，並補充說，這項研究是“文化局外人來決定文化局內人的歷史和治理結構的真相的”一個“典型例子”，即普韋布洛印第安民族。
該團隊成員、賓夕法尼亞州立大學的古代DNA專家喬治·佩裡說，雖然研究人員沒有正式諮詢部落領導人，也沒有事先徵得他們的同意來進行這項研究，但他現在“正在努力與西南地區的多個群體接觸”，以“展示和討論研究結果。”獲得土著群體的祝福可能是進一步研究的關鍵，因為普韋布洛·博尼託和其他查科遺址還有其他墓葬尚未進行研究。此外，一些考古學家說，一些土著人最終可能會選擇對自己的DNA進行測序，以瞭解他們與古代查科祖先的親緣關係有多密切——華盛頓州至少有一個部落群體採取了這一步驟，結果發現他們與肯納威克人有著密切的基因關係。在那個例子中，科學證據支援了部落關於歸還他們所稱的“古人”的主張，其遺骸於 2 月 18 日被西北部落重新安葬在一個秘密地點。
一些考古學家希望這項新研究只是朝著更全面、更詳細地瞭解古代查科人如何生活邁出的第一步。“這種母系在查科人的儀式、社會和政治生活中如何運作需要更多的研究，”明尼斯說。在其他墓葬被研究之前，“我們無法回答普韋布洛·博尼託的母系血統是被該社群認可還是被整個查科認可的問題。”