乙醇並非能量密度最高或最廉價的燃料。因此，位於加利福尼亞州埃默裡維爾的 Amyris Biotechnologies 公司提出了一個可能更好的解決方案。它從一大批有機化合物開始，從中選擇了汽油、柴油和航空燃料的潛在替代品，這些替代品可以在現代發動機中燃燒，並且與現有的石油基礎設施相容。然後，該公司使用定製設計的微生物，透過傳統乙醇原料的發酵來生產新型燃料。
創造新型菌株絕非易事。這項任務需要對酵母基因組進行重大改造。插入了來自原始植物來源和另外兩種生物的基因，並仔細調整了預先存在的生化途徑。經過工程改造的酵母產量提高了百萬倍。
作為新興合成生物學領域的領導者，Amyris 公司以開發用於大規模生產抗瘧疾藥物青蒿素前體的酵母菌株而聞名，而亞洲植物來源的青蒿素供應短缺。該公司在 2006 年被世界經濟論壇評為技術先鋒，現在已接近其向發展中國家供應廉價工業級青蒿素的目標。
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Amyris 認為，將其專業知識應用於生物燃料同樣有利可圖。它發起了一項尋找可以在實驗室生產並滿足能量含量、揮發性和水溶性標準的燃料的研究。
工程改造微生物以生產藥物與燃料的區別在於，按盎司計算，藥物的價值要高得多：燃料最終產品的價格必須足夠低廉才能燃燒。Amyris 將不得不最佳化每種微生物菌株，使其能夠大量生產燃料而不會自我中毒，併產生足夠的燃料分子，從而在經濟上值得培養。在大型化學工業的歷史中，該專案所涉及的技術專業知識的精妙程度是前所未有的。然而，Amyris 公司去年 6 月在其管理層中增加了幾位石油行業資深人士，這表明它是認真的。