DNA 構建的“計算機”可以在照片中找到模式

人工 DNA 像神經網路一樣對影像進行分類

Illustration of DNA against a green background

Thomas Fuchs

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大腦是典型的決策者,在選擇前進的道路之前收集和權衡資訊。但在自然界中,許多更簡單的系統也完成了類似的任務。細胞利用化學訊號網路來決定何時繁殖或死亡。甚至可以說水“決定”它是否會凍結成雪花或冰雹,加州理工學院的分子計算研究員 Erik Winfree 說,考慮到這種轉變極其複雜的物理學。

長期以來,Winfree 一直對物理世界隱藏的資訊處理能力感興趣。在最近發表於《自然》雜誌Nature上的一項研究中,他和他的合作者設計了一組人工 DNA 鏈,這些鏈可以共同識別模式和分類資訊。該系統與許多人工智慧模型的基礎“神經網路”演算法具有關鍵相似之處。

為了利用生物機制構建類似計算機的電路,研究人員經常求助於自組裝 DNA 分子。這些定製的 DNA 鏈(或“瓦片”)在試管中混合並冷卻後,會自組裝成可預測形狀的馬賽克,從而可以傳遞資訊。


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科學家們想知道這種型別的裝置是否可以識別模式——例如透過將灰度照片分類到不同的類別中。為了在試管中表示影像,科學家們建立了一個程式碼,其中每個影像畫素對應於特定“形狀”的 DNA 瓦片。畫素越亮,其對應的 DNA 瓦片在溶液中存在的越多。

冷卻後,這些瓦片像自組裝的拼圖一樣拼接在一起,形成三種可能的形狀之一,具體取決於混合物中 DNA 瓦片形狀的平衡。合作作者 Constantine Glen Evans 解釋說,每種形狀代表一個類別,他現在是愛爾蘭梅努斯大學的分子計算研究員。

該系統旨在將 18 張照片分為三個任意類別,但它也可以對以前從未見過的影像進行分類,例如同一張照片的扭曲版本。芝加哥大學的物理學家、合作作者 Arvind Murugan 說,就像神經網路一樣,它識別影像中的一般相似性,“而不是尋找完全匹配”。

Murugan 說,這項研究的目的不是要替代神經網路本身,而是要揭示“物質已經擁有的”計算能力。科學家們希望在自然界的其他系統中找到類似的計算能力;Murugan 說,這些能力“可能隱藏在我們沒有注意到的各種事物中”。

約翰·霍普金斯大學的生物分子工程師 Rebecca Schulman 說:“這本身就很有趣”,她沒有參與這項新研究。她補充說,資訊可以透過大量分子的相互作用隱式儲存,類似於資訊儲存在神經網路中大量神經元中的方式,“這是我以前從未見過的”。

Schulman 補充說,這些發現就像是對“奇異”深海生態系統的首次、短暫的一瞥。“這也許是在呼喚我們回去更努力地尋找。”

Allison Parshall《大眾科學》的副新聞編輯,經常報道生物學、健康、技術和物理學。她編輯該雜誌的“撰稿人”專欄和每週線上科學測驗。作為一名多媒體記者,Parshall 為《大眾科學》的播客Science Quickly 撰稿。她的作品包括關於音樂創作人工智慧的三部分迷你劇。她的作品也曾發表在Quanta Magazine 和 Inverse 上。Parshall 畢業於紐約大學亞瑟·L·卡特新聞學院,獲得科學、健康和環境報道碩士學位。她擁有喬治城大學心理學學士學位。在 X(前身為 Twitter)上關注 Parshall @parshallison

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大眾科學雜誌第 330 卷第 5 期本文最初以“DNA 決策”為標題發表於 《大眾科學》雜誌 第 330 卷第 5 期(),第 15 頁
doi:10.1038/scientificamerican0524-15
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