儘管中國對家禽進行了大規模疫苗接種，但禽流感病毒仍在不斷進化。研究人員報告稱，去年從中國南方家禽市場收集的樣本顯示，一種病毒變體已從單個省份向外蔓延，並取代了該地區其他毒株。這一結果對迄今為止為控制該病毒而採取的措施提出了質疑，公共衛生官員擔心該病毒可能引發致命的全球流感大流行。
2004年初，H5N1禽流感病毒從中國家禽傳播到南亞，此後在遠至歐洲和北非的鳥類中也發現了該病毒。原則上，對家雞和其他鳥類進行疫苗接種可以限制病毒的傳播，從而限制其進化為更具傳播性的形式。考慮到這一目標，中國去年11月宣佈將開始對140億隻家雞接種H5N1疫苗。
然而，中國和美國研究人員在10月30日《美國國家科學院院刊》線上發表的一篇論文中報告稱，自那時以來，該病毒似乎在家禽中的存在更加根深蒂固。研究小組在2005年7月至2006年6月期間，從中國南方六個省的活禽市場收集了5萬多隻看似健康的鳥類的樣本。他們在2.4%的鳥類中發現了H5N1，主要是在家鴨和鵝中，而前一年這一比例為0.9%。
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為了確定持續傳播的來源，研究人員選擇了390份來自受感染鳥類的病毒樣本，確定了它們的基因序列，並將這些序列與已知病毒變體進行了比較。一種來自福建省的毒株，在2005年9月之前採集的鳥類中僅佔3%。然而，在2006年4月至6月期間，類似福建的病毒導致了95%的感染。“這意味著病毒仍在進化，”論文共同作者、位於孟菲斯的聖猶大兒童研究醫院的羅伯特·韋伯斯特說。“這意味著問題沒有得到控制。”該小組指出，自去年11月以來，中國報告的22例人類禽流感病例中，都分離出了福建變體的分支，並且該毒株已使寮國、馬來西亞和泰國的鳥類患病，並在這些地方也感染了人類。
研究人員推測，中國疫苗的弱點可能使以前的區域性變體得以廣泛傳播。他們分析了76只雞的血清樣本，以檢測針對三種H5N1變體（包括類似福建的毒株）的抗體跡象。抗體的存在表明疫苗已生效。幾乎所有樣本對其他兩種變體的抗體都比對福建病毒的抗體多兩到四倍，這表明給雞接種的疫苗對該毒株的效力較低，研究人員指出。俄亥俄州立大學的獸醫研究員理查德·斯萊蒙斯說，這一結果凸顯了除了疫苗接種之外，還需要採取其他措施。韋伯斯特同意，如果將監測接種疫苗的雞與後續監測作為更廣泛計劃的一部分，那麼前者可能是有效的。越南已對其家禽進行了疫苗接種，今年沒有出現新的人類禽流感病例。